腧穴针刺法的一个重要内容，是腧穴的针刺深度。《腧穴学》通常会标注每一腧穴的参考针刺深度。如四肢部位的穴位可适当深刺，胸背部穴位则宜浅刺等。靶向针灸治疗时则认为在针刺的安全深度基础上，更应该强调穴位的有效深度。两者都必须建立在更客观与科学的基础上。

腧穴的安全深度是实施腧穴治疗，确保其疗效的前提。因此，熟悉穴位的解剖特征，明确穴位不同针刺深度的危险性十分重要。如针灸常用的人迎穴，位于胸锁乳突肌前缘平喉结处，其断面层次依次为皮肤、皮肤下组织、颈阔肌、颈血管鞘（即包裹颈总动脉、颈内动脉和迷走神经的结缔组织鞘膜）、颈内动脉和颈外动脉的分叉处、迷走神经和交感干等结构。从解剖层次看，当针刺深度超过0.5寸时，危险即随时可能产生。因为，如果不能避开动脉，针刺深度到达0.5寸时，便会刺中颈总动脉的分叉处，进而刺中颈动脉窦，引起血压的异常变化，导致不良后果。如避开颈动脉窦，针刺深度达到0.6～0.8寸时，针体则极易刺中迷走神经。当针刺深度超过1.0寸时，即会刺中交感干，而迷走神经和交感干都是重要的内脏神经，任何不经意的刺激都会引起内脏功能活动的异常，甚至危及生命。李亚东等以哈尔滨市区的32例成年志愿者为观察对象，按邵象清的人体测量学中的罗氏指数分型，分为瘦人组、适中人组和胖人组。选择第7颈椎和第1胸椎之间的大椎穴、大椎穴旁开2寸的肩中俞、第1腰椎棘突下的悬枢、第2腰椎棘突下的命门。将以上4个穴位进行3个层面CT断层技术拍片。然后，应用拇指同身寸折算成毫米在CT片上进行定位，测量腧穴深度。测量大椎、悬枢、命门穴，以皮肤到黄韧带距离为“危险深度”；测量肩中俞，以皮肤到竖脊肌前缘距离为“危险深度”。安全深度≤危险深度×75%。针刺深度以单位mm表示。结果显示:大椎穴针刺安全深度为瘦人组:（32.86±3.69）mm，适中人组（37.76±4.91）mm，胖人组（47.93±5.30）mm；肩中俞瘦人组（31.67±6.11），适中人组（37.90±4.10），胖人组（52.38±2.18）；悬枢瘦人组（24.62±4.28），适中人组（28.88±3.18），胖人组（47.93±5.30）；命门瘦人组（25.69±3.84）；适中人组（29.82±3.50）；胖人组（32.67±3.19）；这种细致的测量方法为临床提供了可靠的深度依据。姜氏等人利用解剖，研究了眼部三穴:睛明穴（在内眦外上方凹陷处），上明穴（在眉弓中点直下，眶上缘下凹陷处），承泣穴（在眶下缘中点，眼球与眶下缘之间）的针刺深度与注意事项。如从睛明穴进针后，若紧贴内侧壁行针，针尖至（20±0.8）mm时，可刺中筛前动脉，继续深刺至（32±1.1）mm，可刺及筛后动脉。两动脉在此处穿入眶壁，位置较固定，损伤后极易出血。针刺深度宜在17mm以内可防损伤。若需继续深刺，针尖不要紧贴眶内壁，应略向外呈85°行针，不宜提插和大幅捻转。当针刺深度达32mm及以上时，针尖可能刺伤筛后动脉甚至睫状后动脉，可引起眼眶深部出血，严重时可引起睫状体及虹膜的供血不足，甚至眼球中膜（葡萄膜）的部分坏死；当过度深刺，其深度男性达50mm左右，女性达49mm左右时，针尖可能刺伤视神经和眼动脉。当针刺深度达51mm以上时，针尖可能透过眶上裂而刺伤海绵窦或刺伤三层脑膜以及大脑额叶，可引起蛛网膜下腔出血、脑脊液外流、颅内压升高以致休克，反复提插捻转时，损伤更严重，甚至引起死亡。从上明穴进针后，若针尖向下刺入深度达30±1.5mm后，可刺及眼上静脉。故上明穴正确进针方法是，安全深度在17mm以内，针尖宜向后上方，当刺入17mm以后，继续深刺应转向眶尖方向。而承泣穴进针后，若向外上方刺入30±1.4mm，可刺及睫状后动脉，继续深刺达42±2.8mm时，可刺及视神经和眼动脉。正确的进针方法是:进针10mm时改变针尖方向，朝向内后上方较为安全。以上研究，可让临床医生正确掌握危险穴位的解剖结构与安全进针方法，既能提高临床疗效，又能避免针刺意外的发生，使针灸在疾病的防治中有效发挥更大的作用，为研究针刺的安全深度做出了很好的典范。

《素问•刺要论》有这样的记载:“病有浮沉，刺有浅深，各至其理，无过其道。过之则内伤，不及则生外壅，壅则邪从之。浅深不得，反为大贼，内动五脏，后生大病。故曰:病有在毫毛腠理者，有在皮肤者，有在肌肉者，有在脉者，有在筋者，有在骨者，有在髓者。是故刺毫毛腠理无伤皮，皮伤则内动肺，肺动则秋病温疟，泝泝然寒慄。刺皮无伤肉，肉伤则内动脾，脾动则七十二日四季之月，病腹胀烦不嗜食。刺肉无伤脉，脉伤则内动心，心动则夏病心痛。刺脉无伤筋，筋伤则内动肝，肝动则春病热而筋弛。刺筋无伤骨，骨伤则内动肾，肾动则冬病胀腰痛。刺骨无伤髓，髓伤则销铄胻酸，体解 然不去矣”。说明针刺深度与疗效密切相关。靶向针灸治疗强调方法与疾病的对应关系，尤其必须明确针至病位。如我们治疗临床常见的网球肘，是由于前臂的反复旋前和腕关节的背伸、掌屈或活动，使前臂伸肌处的肌肉、韧带、肌腱等一些组织、结构形成一些小的血肿，日久使附着于肱骨外上髁处的桡侧腕长伸肌和桡侧腕短伸肌以及附着处的桡侧环状韧带处发生粘连、机化、骨化而出现局部疼痛和功能障碍。所以，这时针刺的深度必须直接到达骨膜，才有可能松解粘连与机化的组织。

很多疾病，针刺深浅不同，效果有很大差异。如张氏等采用深刺与浅刺耳前3穴（耳门、听宫、听会）结合体针疗法进行对照观察。治疗组（深刺组）以上三穴针刺时，令患者张大口，以毫针垂直进针20～30mm后加用电针；浅刺组则其他干预均与深刺组相同，只是耳前3穴均进针10mm，分别观察患者电测听听力变化情况。结果显示，治疗2周后，深刺和浅刺组疗效无显著性差异，而在治疗4周和治疗结束1个月随访时听力改善存在明显差异，深刺组优于浅刺组。笔者观察到，耳前3穴针刺深度在30mm时针刺到达的部位依次为，耳门:皮肤→皮下组织→腮腺上缘；听宫:皮肤→皮下组织→外耳道软骨；听会:皮肤→皮下组织→腮腺囊→腮腺。而针刺在45mm到达的部位已经很接近颈内动脉，比较危险。从研究结果看，浅刺疗法和深刺疗法对于突发性耳聋均有一定疗效。分析其原理，可能与针刺治疗能够直接刺激局部穴位，改善局部血液循环，加上电针使耳部肌肉有节律地收缩，引起耳部血管舒缩，加快了耳部的血液循环，促进耳部气血畅通有关。笔者认为，浅刺（10mm）时针刺到达部位距听觉传入通路的第一级神经元较近，可以直接调节周围的听觉功能，而深刺（30mm左右）时针刺到达部位距听觉传入通路的第二级神经元较近，还有可能调节听觉传入的较高一级神经元的功能。由于神经网络存在相互调节作用，从而有可能改善听觉传入通路逐级放大系统的调节。使得能够充分利用残余听力，增强皮层中枢的重塑，促进听力的代偿有关。