总体来讲，水针疗法的适应证十分广泛，主要涉及西医内科、外科、妇科、儿科、五官科、皮肤科、骨伤科、神经精神科等各科疾病，亦可用于外科手术的麻醉、手术并发症的防治。此外，水针疗法对某些疑难病证也有较好疗效，甚至可获痊愈之效。

水针疗法一般无绝对禁忌证。病情较急时则应配合其他药物或方法治疗。

对于以下情况应禁用或慎用水针疗法：

1.婴儿；

2.诊断不清、意识障碍者；

3.对某些药物过敏者；

4.体质虚弱者；

5.有频发晕针史的患者。

此外，穴位局部感染或患较严重的皮肤病，尽可能改用其他部位的穴位；孕妇下腹部、腰骶部腧穴以及能引起子宫收缩的穴位尽量少用或不用。