一、萌芽时期

早在春秋战国时期应用干支纪年、纪月、纪日、纪时就已出现，四时和潮汐变化也已运用到疾病治疗当中。《易经》是这个时期的代表著作，其中关于“九宫八风”“河图洛书”及历法和天干地支的记载，奠定了子午流注理论形成的基础。《足臂十一脉灸经》和《阴阳十一脉灸经》初步阐述了经脉循行特点，奠定了子午流注理论发展的经络基础。人与自然界是一个整体，气候、环境的变化会对人体生理状态产生相应的影响，《五十二病方》和《养生方》等都记载了相关内容，说明当时已注意到时间因素对疾病治疗的影响，如《五十二病方·久疕》云：“疕：齑葵，渍以水，夏日勿渍，以敷之，百疕尽已”，意为该病不可夏日治疗。《周礼·天宫》指出：“四时皆有疠疾。”此外，秦越人的《子午经》中记载了十二部人神所在、行年人神、十二时忌、日辰忌和干支人神忌日，认为不同时间段里人体精气运行所处的位置不同，人体精气运动变化受自然规律的影响，与子午流注中“天人相应”的观念一致。殷商、战国时期是子午流注针法产生的萌芽时期，为以后子午流注针法的形成奠定了基础。