航行中的标本采集

起航没多久，他就感到痛苦不堪了。当小猎犬号在比斯开湾（Bay of Biscay）那臭名昭著的汹涌海浪中颠簸时，查尔斯吐光了他吃的所有东西。他蜷缩在吊床里，开始怀疑这次航行是一个巨大的错误。他翻出洪堡的书以寻求一点鼓励，期待着再次踏上陆地的那一刻。

经过10天的折磨，这艘船抵达了加那利群岛的特内里费岛（Tenerife）。查尔斯终于看到了洪堡所描写的那座大山，但他的兴奋是短暂的。小猎犬号被要求隔离，因为当地政府害怕水手传播在英国爆发的霍乱。但菲茨罗伊并不打算等待，他命令任何人不得上岸，舰船随即起航开往佛得角群岛（Cape Verde Islands）的圣地亚哥。

圣地亚哥将查尔斯从晕船的痛苦和绝望中解救出来。虽然风景变成了火山，但鸟类、棕榈树和巨大的猴面包树还是给查尔斯留下了深刻的印象。他还对一片在海平面以上约9米处发现的贝壳和珊瑚产生了兴趣。回想起前不久刚接受的塞奇威克的培训以及阅读过的莱尔的书，查尔斯开始思考：是海平面下降了还是岛屿上升了？未来几年里，他一直在思考这个问题。

几周后，舰船再次出发，准备穿越边境前往巴西。当他们穿越赤道时，晕船的恶心又回来了，再加上酷热难耐，查尔斯只能躺在自己的船舱里，感觉自己好像“在温暖融化的黄油里被炖煮着”。

穿越大西洋的时候，他不断地干呕。舰船刚刚抵达巴西沿岸的巴伊亚州（Bahia），他就急切地下了船。查尔斯赶往森林，森林没有让他失望。鲜花、水果和昆虫的色彩，树木植株的气味，以及所有动物声响的合奏，一下子充斥了他所有的感官。他写信给亨斯洛：“我以前只是钦佩洪堡，现在则几乎是崇拜他。唯有他，才能说清楚进入热带地区时心中所产生的感受。”查尔斯开始收集他能收集到的一切。

在巴伊亚州待了几周后，小猎犬号继续航行并抵达里约热内卢，查尔斯再次下船外出探险。这已成了这次航行的基本模式。小猎犬号从一个港口航行到另一个港口，船员们进行航行调查和地图绘制，而查尔斯则前往内陆进行标本采集工作。菲茨罗伊船长全情投入他自己的工作，这也为查尔斯的考察之旅留出了很多时间。

在船上，同样有一个基本的日常安排。查尔斯在给姐姐的信中解释道：

我们早上8点吃早餐。在这里，永远不变的格言是，抛开所有的礼节，不用等待任何人，一吃完饭就立刻走开。在海上，每当风平浪静时，我就研究海洋动物，这在大海中数不胜数。而当波涛汹涌时，我不是晕船了就是设法阅读一些航海游记。下午1点我们吃午餐。你们这些只在岸上行走的人，对于船上生活的想象完全是错误的，我们从未（也不会）吃咸肉。下午5点是我们的下午茶时间。

在整个航行过程中，查尔斯的同船伙伴们所吃到的肉中，有相当一部分是查尔斯设法弄来的。受益于他少年时在森林中的经历，查尔斯是一位好猎手，他的这项技能使他在小猎犬号的船员中享有崇高的地位。

查尔斯还在舰船靠岸时，找到了一艘可以帮他运送标本回英国的船只。航程开始8个月后，他将收集的第一箱标本寄给了亨斯洛，以获得妥善的保管。