危害程度分类是病原微生物危险评价的主要依据之一，危害类别的高低是根据病原微生物对个体和群体的感染后可能产生的相对危害程度来划分的。由于病原微生物在不同国家流行的状况不同，因此不同国家根据病原微生物的传染性、感染后对个体或者群体的危害程度以及流行状态并考虑是否具备有效的预防治疗措施等因素，来划分各自的病原微生物危害程度分类。我国制定的《人间传染的病原微生物名录》对病原微生物危害程度分类外，还规定了其不同实验操作的防护水平以及运输的包装要求。

病原微生物的危害程度分类主要应考虑：①病原微生物的致病性。病原微生物的致病性越强，导致的疾病越严重，其危害程度等级越高。②病原微生物的传播方式和宿主范围。可受当地人群已有的免疫水平、宿主群体的密度和流动、适宜媒介的存在以及环境卫生水平等因素的影响。③当地所具备的有效预防措施。包括通过接种疫苗或给予抗血清的预防（被动免疫）；卫生措施，例如食品和饮水的卫生；动物宿主或节肢动物媒介的控制等。④当地所具备的有效的治疗措施。包括被动免疫、暴露后接种疫苗以及使用抗生素、抗病毒药物和化学治疗药物，还应考虑出现耐药性的可能性。

我国《病原微生物实验室生物安全管理条例》根据危害程度，将病原微生物分为四类，其中第一类危害程度最高，第四类危害程度最低。将第一类、第二类病原微生物统称为高致病性病原微生物，同时还规定将“我国尚未发现或者已经宣布消灭的微生物”列为一类病原微生物。WHO《实验室生物安全手册》（第三版）中病原微生物危害程度则由4级（高）递减至1级（低），见表2-6。