部位辨证的治疗原则与中医学中的治疗原则基本相同，只是更重视病变部位的重要性、特殊性。分两个方面：

《素问·阴阳应象大论》说：“其高者，因而越之；其下者，引而竭之；中满者，泻之于内；其有邪者，渍形以为汗，其在皮者，汗而发之。”病邪在上焦者，可用吐法，使病邪从上面而越出；病在下焦者，可用疏导泻下的方法以祛除之；病邪在中焦而见胀满者，可用消法，消其坚满；邪气在表者，可用汤液浸渍洗浴取汗，以祛其邪；病在皮肤的，可用发汗法使其向外发泄。太阳经属表，多用汗法；少阳经属半表半里，多用和法；阳明经属里，多用清法、下法。

病位确定后，尽量选用直达病变部位的药物治疗。或选用引经药物引导方剂直达病所，充分发挥药物的治疗作用。“治上焦如羽，非轻不举；治中焦如衡，非平不安；治下焦如权，非重不沉。”还要顺应经络的升降生理需要选方用药，如三阳经从上向下行，可多用升阳药物；三阴经从下向上行，要多用滋降药物。左侧部位的疾病要注意用上升的药物，右侧部位的疾病要注意用降下的药物。使整个机体阴阳交接，升降有序，循环无端。