1.2.3　三级结构

蛋白质分子的整体三维形状是三级结构。蛋白质分子会以这样一种方式弯曲和扭曲，以达到最大的稳定性或最低的能量状态。尽管蛋白质的三维形状可能看起来不规则和随机，但由于氨基酸侧链基团之间的键相互作用，它同时受到许多种稳定力的影响。

在生理条件下，中性非极性氨基酸(如苯丙氨酸或异亮氨酸)的疏水侧链往往埋藏在蛋白质分子的内部，从而使它们不易受水的影响。丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸的烷基之间经常形成疏水相互作用，而苯丙氨酸和酪氨酸等芳香族基团则常常堆积在一起。酸性或碱性氨基酸侧链通常会暴露在蛋白质表面，因为它们是亲水的。

半胱氨酸上巯基氧化形成二硫键桥是稳定蛋白质三级结构的一个重要因素，使蛋白质链的不同部分共价连接在一起。此外，不同侧链基团之间也可能形成氢键，就像二硫键桥一样，这些氢键可以把一条链的两个部分按顺序排列在一起。盐桥-氨基酸侧链上正负电荷位点之间的离子相互作用(盐桥)，也有助于稳定蛋白质的三级结构。