1.5.1　基于氨基酸组成偏好的配体结合口袋识别方法

对于蛋白质-配体的结合位点，依据其所具有的独特几何特征，即凹陷(多数呈口袋形状)，我们提出基于氨基酸组成偏好的配体结合口袋识别方法，分为两步。第一步，寻找口袋区域，由POCKET程序来完成，它的算法基于α-形状理论和离散流理论。第二步，识别结合口袋，我们设计了新的基于原子和原子接触对偏好模型，使用这些偏好模型可以计算口袋的偏好值。结合口袋大小属性，我们设计了两种配体结合口袋识别方法：基于全局口袋氨基酸组成偏好和局部口袋氨基酸组成偏好的识别方法。计算结果表明，基于原子和原子接触对的偏好模型在识别结合口袋方面要优于传统的基于残基的偏好模型。并且，用相同的数据集测试，基于局部口袋氨基酸组成偏好的识别方法能够取得与近来发表的识别方法相当的准确率。