从人正常乳腺组织和乳腺癌中分离出的CD44 ^hi／CD24 ^lo细胞经历EMT后显著呈现干细胞特征，形成乳腺球囊和肿瘤的能力增加。干细胞特征表现在自我更新能力获得和干细胞标志的表达，如FOXC2、Snail、Twist及Slug水平增加。Spadema等继续这一主题的研究，他们的资料证明核β－catenin涉及胚胎发育的两个根本过程：EMT和干细胞形成。异常的核β－catenin表达也对肿瘤细胞发挥这两种作用。EMT和干细胞特征的异常联合可能导致CSCs的产生。Dimeo等的研究提供了自我更新和EMT之间的联系。抑制Wnt信号通路可减少乳腺癌细胞的自我更新，进而导致EMT转录因子Twist和Slug的抑制。另外，缺氧可影响EMT相关基因的表达，进而诱导干细胞表型。这些资料提示经历EMT后获得干细胞特征，促进CSCs的产生。