二 指纹问题给初期的留学生留下的阴影
1972年9月，中日邦交实现了正常化，中国大陆学生也可以来日本留学了。但当时中国还处于“文化大革命”期间，教育机关也比较混乱，在赴日本留学中特别凸显的是入学资格问题。日本政府规定，在上大学之前所接受的学校教育必须满12年，如果留学生是从没有12年教育制度的国家而来，那他们就必须在日本指定的除了日语以外也教授其他科目的日语教育机构至少学习一年，否则不能参加大学的入学考试。
大学入学资格是长期以来日本存在的一个问题。日本的中华学校、朝鲜学校等外国人学校里的毕业生，因为他们不是按照日本的教学大纲来接受教育的，所以还必须参加一个“大学入学资格检定”考试（简称“大检”），只有“大检”合格的人才能参加日本的大学入学考试。但是，在日本学校教育法实施规则中规定，“高中毕业以及被认为具有同等以上学历的人具有大学入学资格”。公立大学和私立大学都灵活运用此项条款，承认在日外国学校具有入学资格的大学越来越多。但是，直属文部省管辖的国立大学却毫不留情，不是“大检”合格者，一律不允许参加国立大学的入学考试。
从中国来的留学生，由于受“文化大革命”的影响，到高中毕业为止所受的教育不足12年的情况很多，结果他们也被国立大学拒之门外。私立的创价大学、和光大学，则灵活运用上述政府规定，承认中国留学生的入学资格，所以接收了一批最初来日的中国留学生。现在的驻日大使程永华就是当时的留学生之一。
对于初期留学生来说，还有一个问题就是“按捺指纹”。日本在1952年制定的《外国人登录法》中规定，在日本停留60天以上的外国人，在办理外国人登录的时候，有义务配合市区町村的政府机关按捺左手食指的指纹。开始按捺指纹是在1955年的秋天，那年中国在日本的东京和大阪首次举办了商品展览会，引起了很大的反响。当时，中日政府间的外交关系还没有确立，但民间的交流已经有了一定的积累。由于商品展览会是在两个地方举行，所以一些工作人员在日本的停留时间就超过了60天，但中国方面拒绝按指纹。
根据中日民间贸易协定，1956年在北京和上海举办日本商品展览会，1957年中国商品展览会将在名古屋和福冈举行。但是，日本法务省提出了“限定在留期限为60天，超过60天的必须按指纹，不按指纹者不允许入境”的条件。指纹问题不仅对在名古屋和福冈举办的中国商品展览会，而且对预定在1957年5月举行的第四次中日民间贸易协定的签订工作也产生了一些不利影响。
1957年8月7日的《人民日报》刊载评论员的文章中指出，“日本政府强调要求我国贸易代表和工作人员按捺指印，是对我国的侮辱，同时实际上也是在阻扰中日贸易的发展”。就这样，中日之间的贸易协定超过了有效期限，举办商品展览会也就不可能了。最终日本方面通过修订法律打开了僵局。1958年1月，日本做出了对“停留一年以上的外国人需要按捺指纹”的改定，并于1958年2月26日公布了修订法。修订法公布后，1958年3月5日，中日之间才终于签订了第四次贸易协定。
1964年4月，中日之间签署了《廖承志办事处和高碕办事处关于互派代表并互设联络事务所的会谈纪要》以及《关于中日双方交换新闻记者的会谈纪要》两个文件。据此，来日本联络事务所的中方工作人员以及记者，为了避免按指纹，采用的是在日本停留不到一年先暂时回国，然后再来的方法。日方在中国的工作人员也是如此，每年在中国居留不满一年，如此重复往返于中日之间。
初期来日本的中国留学生，也是采用每年回国一次再来日本的方法避免按指纹。1978年8月，《中日和平友好条约》签订之后，从1979年4月开始，中国开始正式向日本派遣留学生，从此中国留学生开始接受按指纹。1980年9月，在日韩国人在东京的新宿区政府拒绝按指纹。此后，这一问题很快波及日本全国各地，按指纹问题成为一个巨大的社会问题和政治问题。1987年修订的法律，由原先的每登录一次就需要按一次指纹变成了“只按捺一次指纹”。1992年修订的法律，增加了“持有永住在留资格者可以不按捺指纹”的规定。1999年修订的法律，最终全部废除掉按指纹这一规定。但是，作为“反恐”的一个环节，从2007年开始，外国人入境（包括再入境）时，必须在机场按捺“左右食指指纹”以及拍摄“人头像”。
伴随着中日邦交正常化的实现，日本与台湾地区之间的“外交关系”全部中断后，日本政府的国费留学生，基本都是中国大陆来的留学生。另外，日本成立了一个叫“财团法人交流协会”的机构，作为与台湾地区交流的窗口，从台湾地区来的留学生叫“交流协会留学生”。交流协会留学生的资金也是日本政府提供的，虽然在名义上属于私费留学生，但是实质上与日本政府的国费留学生并无不同。
2011年3月11日发生的日本大地震，给日本带来了巨大的灾难。为了支援在《灾害救助法》中所指定的七个受灾县的大学或研究生院学习的自费留学生，文部科学省采取了一项紧急措施，限定一个月内将这些人认定为日本政府国费留学生，并向他们支付一个月的日本政府奖学金，但因为日本与台湾地区没有“外交关系”，所以从台湾地区来的留学生被排除在外。这次大地震，台湾地区捐出了170亿日元的善款。作者在接受共同通信社的采访时谈道：“日本政府应该给来自台湾地区的留学生支付奖学金。虽然日本政府与台湾当局没有建立‘外交关系’，日本政府国费留学生不包括来自台湾地区的留学生，但日本政府通过交流协会给他们发放奖学金，实际上是支援从台湾地区来的留学生的。”虽然共同通信社的报道只能在签约的地方版报上刊登，但后来报社给作者寄来有关的采访报道时[2]，顺便提到“本报道见报后，交流协会很快制定了一个给台湾地区本科留学生同样金额的补贴金制度。新闻报道还是起了一定作用的”。