中医认为本病主要是由腠理疏松，感受风湿热之邪，病邪上蹿头部，蕴积生虫，侵及皮毛所致；亦可因虫毒侵袭，接触传染而得；理发或者不洁衣帽、枕巾毒染而成。

在北美、北欧以亲人性真菌为主，而南美、欧洲东部和南部则以亲动物性的真菌为主。而随着饲养宠物的热潮，亲动物性的致病菌导致的头癣也随之升温。中国的病原菌主要是犬小孢子菌、紫色毛癣菌，其次为许兰毛癣菌、断发毛癣菌、石膏样小孢子菌。亲人性皮肤癣菌的传染源为患者和无症状的带菌者。使用污染的理发工具、发刷、梳子和共用帽子都是常见的传染途径。亲动物性皮肤癣菌的传染源为带菌的动物。传染途径是直接接触猫狗等家庭宠物和偶尔地接触野生动物。真菌感染毛发视菌种分为：

如小孢子菌感染。红色毛癣菌、疣状毛癣菌的孢子较大（4～8μm），菌鞘形成不完全。须癣毛菌的孢子较小，仅2～3μm大小。

菌丝在发内，孢子较大，排成链状，充满整个毛发。因发内孢子压力使毛发直径增大，脆弱易断。致在头皮面上呈黑色小点，即黑癣，又称黑点癣。

由黄癣菌引起，发内有分节菌丝，当其退化即残留气泡或气沟。毛发不断，可长达50～60cm，但常干灰或弯曲。