医巫的分化

随着社会的发展，技术的进步，人们积累的医学知识越来越丰富，巫、医开始分化，这种现象最初大约出现在春秋战国至秦汉之际。但祝由疗法并未立即被全部抛弃，而且其中一些经验和精华被传承了下来。这里不得不提最早支持巫、医分化的一大功臣——扁鹊。

当时扁鹊冒天下之大不韪向巫术发起挑战，并提出“六不治”，其中就包括“信巫不信医”不治，即相信巫术、不信医学的人不用治。扁鹊的这种做法，对当时信仰有神论的人是一次强有力的挑战，自然也难免树敌。

到了魏晋时期，祝由术与道教奇妙地结合了起来，为道家所利用，并加入了符水、桃木剑等道具以及一些特殊工序和包装，同时还包括药物。到了隋唐时期，祝由与中医的内、外、妇、儿等医科并列，得到官方承认，朝廷还设立了“祝禁博士”“咒禁师”等官职，巫师成了官方认证的医家之一。《旧唐书·职官志》中就记载：“太医令掌医疗之法丞为之贰，其属有四，曰：医师、针师、按摩师、咒禁师，皆有博士以教之。”而从元朝开始，祝由也被正式列入十三科（从元至明，太医院分十三科）之内，内涵更丰富，如禁法、咒法、符法、步罡（沟通人神的一种神秘巫术）等。

到了明朝后期，从事祝由科的医者已经非常少，加上一些医家的轻视，祝由术逐渐式微。明末的张景岳曾写道：“惟民间尚有之。”而到了清朝，太医院废除了祝由科。但因满族信仰萨满教，所以保留了“跳神”等习俗。不过，民间仍有巫觋传承。清朝著名的医学家徐大椿曾说：“古法今已不传，近所传符咒之术，间有小效。而病之大者，全部见功。”他认为对祝由术应该采取存而不论、敬而远之的态度。

《伦敦新闻画报》所展示的晚清跳神的把戏，在中国盛行的巫术被西方捕捉。

清末民初，《顺天时报》上刊登的祝由科广告，可见祝由术在我国民间影响之深远。

到了近代，祝由术仍未完全消失，以原始巫术、情志疗法、导引气功等新形式流传，比如壮族农村地区等仍旧有人在用，多由巫婆、神汉从事，不过这些人的文化程度、有多少基本的医学常识等都不明了，其医术如何自然也要打个问号了。