1995年5月起，北京市开始引进中国/WHO健康促进学校项目，到2000年，全市城区（县）已有132所学校参与争创健康促进学校活动，其中通过验收的金牌学校有30所、银牌学校29所、铜牌学校29所。

2001年，为进一步提升青少年的健康水平，北京市教育委员会（以下简称“市教委”）、北京市卫生和计划生育委员会（原北京市卫生局，以下简称“市卫生计生委”）联合在全市范围内推广健康促进学校工作。市教委和市卫生计生委委托北京市健康教育所实施了“北京市健康促进学校示范项目”，在项目实施中就健康促进学校的理论、实践技能和创建要求为内容，分批培训了学校卫生、健康教育的专兼职人员、项目学校主管校领导和校医/保健教师等，并制定了健康促进学校评估标准。2005年，北京市红十字会（以下简称“市红会”）青少年工作也纳入到健康促进学校创建工作之中。

通过20年持续不懈的创建工作，到2015年，全市累计创建了1547所健康促进学校，占全市中小学数量的八成左右。