水针疗法的选穴原则，是以经络理论为指导，根据不同的病证、穴位特性，结合临床实践，合理选取穴位组成处方进行施治。其原则以循经选穴为主，分为近部、远道和对症选穴三种。

依据穴位能疏通局部经气、治疗局部病症的原理，在患病脏腑器官、躯干、四肢就近或邻近部位选穴。此法应用较为广泛，多用于治疗部位明显或较为局限的病症。如口眼歪斜取颊车、地仓；胃痛取中脘、梁门等。

依据中医基础理论与穴位主治功能，在距离病痛较远处选穴治疗。如咳嗽选尺泽、鱼际；胃脘痛选足三里、公孙。

即辨证选穴，是依据中医基础理论结合穴位主治提出，针对某些全身症状或疾病的病因病机而言的。如高热选大椎、曲池；失眠选神门等。

水针疗法所选的穴位有经穴、奇穴、阿是穴（即一些疾病的反应点、压痛点、敏感点）、耳穴。

配穴方法是在选穴原则的基础上，选取主治相同或相近，具有协同作用的穴位加以配伍组成处方进行应用。配穴是否合理，直接影响着治疗效果。水针疗法的配穴，要把握少而精的基本原则。常用配穴方法如下：

当某一脏腑、经脉有病时，即选该脏腑所属经脉的穴位组成处方。如咳喘，病在肺脏，即取肺之募穴中府（局部)，配以本经远道的尺泽、太渊。

当某一脏腑、经脉有病时，选与病经互为表里的经脉穴位组成处方。如胃脘疼痛，取胃经原穴冲阳，配脾经络穴公孙。

前指胸腹部，后指背腰骶部。治疗脏腑疾病时，胸腹部穴位与位于背腰骶部穴位相配即为前后穴位相配。如心痛时，取前部心之募穴巨阙，配以背部心俞。

即左右侧穴位同时配合应用。如上牙痛，取双侧合谷穴。

上指腰以上，下指腰以下，即腰以上的穴位与腰以下的穴位配伍应用的方法。如牙痛，取在上之合谷，配在下之内庭；治脱肛取在下之长强，配在上之百会等。