有时可能作些针对性或选择性电生理检查，如验证某种抗心律失常药物对心律失常诱发的影响和测量植入型心脏转复除颤器（ICD）的除颤阈值。有时可能由于手术安排、工作负荷和患者情况不许可全面的电生理检查仅针对性检查，如果临床需要再选择以后作全面的电生理检查。

一般需要作全面的电生理检查，不管是已知或怀疑某种心律失常以及是否需要同时作导管消融术。因为进行电生理检查的患者可能同时合并多种心律失常，全面电生理检查尽可能一次弄清所有的问题，选择合理治疗方案。例如不明原因晕厥的患者可能有窦房结、房室结、希氏束-浦肯野系统和心动过速等多种心律失常，这些异常可能影响患者治疗的选择。再如窦房结功能异常同时合并室速患者，如条件许可可能需要植入双腔ICD治疗。室上性心动过速约有15%患者同时合并1种以上的心动过速，房室旁路患者合并房室结双径路也很常见，临床上记录到的这些心动过速在心率上是相似的，不能排除这些都是临床心动过速的可能。对于多数心电生理专家来讲，消融了他们认为的主要的临床上心动过速后，最好是进一步作全面电生理检查消融可诱发其他所有类型心动过速，避免患者再次进导管室作侵入性检查或治疗。

全面系统的电生理检查只是相对的。例如一次电生理检查不可能获得所有的药物试验的电生理资料。所以，电生理专家必须选择最重要的项目尽可能满足“全面”标准。

一个全面系统的电生理诊断包括窦房结、房室结和希氏束-浦肯野系统功能的评价，室房逆传功能评价，室上性和室性心律失常诱发。一组简单程序电刺激可以对心脏多个层面进行评价。例如，心房心率递增刺激可提供下列信息：窦房结恢复时间、房室结和希氏束-浦肯野系统的传导功能。房性期前收缩刺激可提供窦房传导时间、房性心动过速诱发、房室结双径路是否存在、房室结和房室折返性心动过速诱发，以及关于各个层面（心房、房室结和希氏束-浦肯野系统）不应期的资料。同样，心室刺激可提供室房逆传和室性心律失常诱发的信息。