上述方法看上去近乎完美，但不能100%保证“母婴垂直传播”的阻断，也有失败的案例。究其主要原因来自于胎儿的宫内感染。对于这种情况中国的肝病医生在实践中逐渐摸索出了一种新的方法，具体措施为：对于携带乙肝病毒的母亲妊娠超过3个月以后，可用核苷类药物如拉米夫定或替比夫定或替诺福韦进行干预，每天1粒，选择你认为日常生活中最为方便的时间定时服用，雷打不动，长期坚持，一直到胎儿出生至满月为止。此时选择用药对于胎儿的发育几乎没有影响，因为3个月大的胎儿各个系统、组织、器官发育基本成型（实在不放心可放宽到4个月以后），加之这两种药物均被视为妊娠B级（被权威组织推荐可用在孕妇身上，有较多的实验数据支持）的药物，特别是近年来已经有很多的乙肝患者在服用拉米夫定期间意外怀孕后生下的小孩都很正常。有一项研究表明与正常孕妇生下的孩子发生缺陷的概率没有区别。就全国而言目前已有几千例的观察病例了。几乎每个专家都曾遇到过类似的情况。

目前在全国至少有十几个地方的妇幼保健医院的相关专家陆续开展了类似的研究，研究的结果让人感到振奋。其中有位专家在会议上报告了他的研究成果：在临床上随机选取了2组均为HBeAg阳性的孕妇，每组100例，其中一组给予拉米夫定100mg，每日1粒，口服；胎儿出生时两组均给予乙肝疫苗和乙肝免疫球蛋白注射，最终的免疫成功率为服用拉米夫定的一组达到98%以上。