三、重回中国
1902年夏季，司徒雷登从协和神学院毕业，成为一个专职的教会工作人员。他与同屋好友莱西·莫菲特（Lacy Moffett）和另外一个神学院的毕业生一道，负责为美国南长老会派驻海外的传教士筹款。他们学习美国基督教北长老会和北公理会的做法，发起了一个“前进运动”——在南方各地为海外传教做宣传，发展组织，募集经费。
从1902年5月到1904年10月底，司徒雷登和两个同伴为“前进运动”工作了两年的时间。两年当中，他们不仅没有任何报酬，就连少得可怜的活动经费也是由几个经商的教徒赞助的。尽管工作条件如此艰苦，他们依然取得了相当可观的成绩，从307个教堂和27个个人那里获得了一笔共计16.9万美元的捐款。通过这两年的实践，司徒雷登积累了许多开展宣传、组织和行政管理方面的经验。更为重要的是，这些工作激发了他从事冒险性活动的热情，并使他最终对传教士的职业有了彻底的认同。
然而，也正是在这两年当中，司徒雷登第一次卷入了宗教界政治斗争的旋涡。
当时，司徒雷登和他的同事以及一部分海外归国的传教士在与海外传教士执行委员会秘书切斯特（S.H.Chester）博士打交道的过程中，产生了很多矛盾和冲突。由于切斯特根本不重视传教士的工作，对“前进运动”也缺乏应有的支持和鼓励，因而引起了司徒雷登等人和许多传教士的不满。1904年5月，他们联名要求切斯特辞职。这一举动，使原本就对司徒雷登等人有看法的切斯特等海外传教士行政委员会里的工作人员十分恼火。双方的矛盾进一步激化了。切斯特谴责司徒雷登和他的同事是整个事件的煽动者和诽谤者，是间谍。一些支持切斯特的人竟然还把“前进运动”的成功归功于切斯特的个人才能上。这自然又引起了司徒雷登等人更为强烈的不满。海外传教士行政委员会不得不举行代表大会，就切斯特的去留问题进行投票表决。最后，切斯特以83票支持，58票反对的结果保住了自己的位置。
这是司徒雷登第一次尝到在宗教政治斗争中失败的滋味。对于刚刚离开校门、涉世不深且对宗教派别之间的斗争一无所知的司徒雷登来说，这一失败给他带来的打击是显而易见的。这也是促使他下决心到中国传教的一个重要原因。司徒雷登希望用离开美国，中断“前进运动”这样的行为表示对切斯特等的强烈不满。
当然，这场派别间的政治斗争并没有以司徒雷登的退出而结束，十多年后，切斯特等人对司徒雷登在中国传教的言行发起了新的攻击，从而引发了闻名全美国的宗教派别之争（对此争论，将在后面详加论述）。
1904年夏，司徒雷登和莱西·莫菲特准备实现他们在从事“前进运动”时许下的诺言——到中国去做传教士。他们积极做着行前的准备。
同年11月17日，在远赴中国之前，这两个好朋友一起在新奥尔良举行了婚礼。巧的是他们的新娘也是一对志愿献身海外传教事业的同胞姐妹——艾琳（Aline Rodd）和凯瑟琳（Catherine Rodd）。她俩的两个妹妹后来也都做了传教士，一个去了中国，一个去了非洲。
同父辈一样，蜜月刚过，两对夫妇就一同启程前往中国。
1904年的圣诞节，司徒雷登一行搭乘的轮船在上海靠岸。他的父亲和母亲专程从杭州赶到上海，迎接两对新人。
除夕那天，司徒雷登携妻子回到了阔别近18年的杭州城。这是相隔16年后司徒全家人的第一次团聚。司徒雷登的好友莱西·莫菲特夫妇则被布道团派去苏州工作。
司徒雷登回到中国之时，正逢中国的多事之秋。那时，清王朝的封建统治正在不可避免地走向衰败，中国老百姓因庚子年八国联军的烧杀抢掠而害怕与洋人打交道，而中国的许多仁人志士和青年又比以往任何时候都更渴望学习西方的科学知识。
在浙江，老百姓与洋人之间经常发生矛盾和冲突。就在几个月前，杭州发生了一起美国海关工作人员强奸中国妇女的事件，引起了当地老百姓的愤怒，有人还在城里张贴了反美标语。司徒雷登的父亲恰好负责处理这起强奸案。不久，湖州地区的传教士又因土地问题与当地人发生纠纷，遭到老百姓的围攻。有的县衙门则对信奉基督教的中国老百姓进行惩罚，等等。
当时在中国，美国南长老会与其他西方列强的教会组织一样，有自己的势力范围。南长老会的两个传教区就分布在浙江省的北部和江苏省的南部一带，共负责约500万人口的传教工作。而那时这个地区的外国传教士约有50人，另有100余名本地的工作人员。
总的来看，传教工作的开展收效并不大。南长老会自1867年建立两个传教点开始，经过几十年的努力，花费了500多万美元，才建了12所中心教堂和27所小教堂，还在杭州建了7所初中、2所寄宿学校和1所女子高中。另外仅培养出3名中国传教士。
在司徒雷登的眼里，杭州给他的印象与儿时相比并没有多大的改观。除了如诗如画的秀丽山水依然使他流连忘返外，对父亲的传教成果他嗤之以鼻。他用“碌碌无为”这四个字作为对其父一生的评价，并由此对自己的选择产生了一些动摇。
可是，司徒雷登的这种犹疑和彷徨，很快就被他对学习中国话的兴趣冲淡了。在他看来，“汉语似乎对所有的语言爱好者都有一股强烈的魅力”。在美国读书的18年中，司徒雷登儿时的一点汉语底子几乎全忘光了。但杭州方言所特有的轻快悦耳的音韵和丰富的表现力，仍然使他着迷。他当然更明白，精通汉语也是他的职业对他的要求。司徒雷登开始全力以赴攻读汉语。
就在这一年（1905年），清朝政府废除了科举制，使兴办新式学校形成风潮。在华的各国传教士对创办教会学校的兴趣也更为浓厚。为了发展江浙一带的教会学校，避免重复和浪费，北长老会所属的华南布道团和南长老会所属的华中布道团共同组建了一个长老会联合教育委员会，司徒雷登被任命为该委员会的秘书。这个任命，给司徒雷登增加了许多了解各国传教士在中国兴办教育的情况的机会。
生在中国、长在中国的儿时经历，对司徒雷登学习汉语和与中国人打交道很有利。教会的所有中国传教士、教师和雇员都没把他当外人。司徒雷登很快就有了许多中国朋友，这使他的汉语会话能力大大提高。这期间，司徒雷登被任命为区域牧师，他的工资由华盛顿长老会发给。
通过与中国老百姓的交往，司徒雷登的汉语水平提高得非常快，他的中国话（准确地说应该是杭州方言）已经讲得非常地道了。同时，他还能用宁波话、上海话和苏州话与人交谈。渐渐地，司徒雷登完全适应了在中国做传教士的生活，并从中找到了乐趣。他甚至在考虑是否就这样度过自己的一生。他认为作为传教士，他将会比他的父辈们取得更大的成功。
从1906年开始，当语言已不再成为与中国老百姓交流的障碍时，司徒雷登被派到杭州城以北广大的乡村地区传教。他所负责的曹家桥教堂在城市边上，每周有25名信徒来做礼拜。此外，他负责的区域还包括50个村庄和208名基督徒。这一地区也恰恰是他的父母曾经住过和负责传教的地区。在父母的指导下，他学会了如何主持教会的活动，也学会了如何先与中国老百姓交朋友，然后再向他们传播基督教教义的方式方法。
同年2月5日，司徒雷登的独生子约翰在杭州出生。
1907年，为了体会一下在中国办教会教育可能会遇到的问题，司徒雷登在自己负责的教区办起了《圣经》学习班，除了研读《圣经》外，还向学生传授社区服务的知识。学习班每期两周，每班30～50人，学生自备口粮。
1908年2月，司徒雷登发表了一篇题为《传教士与中国人民》的文章，集中表述了他近三年来在中国当传教士的感受和他对解决中国问题的看法。
在司徒雷登的眼里，中国是一片环境脏乱、土地贫乏的国度。他认为有相当一部分中国人“丑恶、不诚实、贪婪和缺乏道德”，同时又对中国老百姓的忍耐力表示钦佩和赞赏。
司徒雷登在叙述了中国人希望学习西方文明，使中国走向现代化的强烈愿望的同时，提醒读者看一看日本经济发展之后的情况，他担心中国一旦强大起来，将可能对世界其他国家造成威胁。
司徒雷登认为基督教和中国文化并非是不相容的。他担心中国在寻求进步的过程中，会以损害文化遗产为代价。他指出为了对上述问题防患于未然，就必须使中国基督教化，并试图让他的传教士朋友们认识到，他们目前在中国所从事的事业是在“创造一个国家”。
司徒雷登的上述观点与艾尔弗雷德·马罕（Alfred Mahan）的“黄祸”论（Yellow Peril）有许多一致的地方。弗雷德·马罕也认为使中国基督教化是西方阻止“黄祸”出现的最有效的方法。当然，司徒雷登并没有像弗雷德·马罕那样，称中国是一个野蛮的国家。他赞成许多美国宗教领袖在19世纪90年代提出的观点，即在中国推行西化和基督教化在本质上是一致的。
司徒雷登的《传教士与中国人民》一文，是他在中国传教的思想定型的一个重要标志。在以后相当长的一段时间里，无论是传教还是从事教育活动，他都是以这些思想观念为出发点的。
出乎司徒雷登预料的是，他的传教士生活实际上只持续了不到三年的时间。
1907年，为纪念西方牧师入华传教100周年，在华的各国传教士召开了一个“百年纪念大会”，并在会上通过了成立“教育总会”的议案，把在中国兴办中等和高等教育列为20世纪教会在华工作的重点，同时呼吁各派别的教会组织团结起来，联合创办学校。
美国南长老会和北长老会在华传教的历史也将近有100年。经过总结，他们认识到基督教之所以在中国的发展十分缓慢，其主要原因就在于外国人传教很难被普通的中国老百姓接受，而中国又没有自己的高级神职人员。因此，积极培养中国本地的高级教会工作人员就成为当务之急。于是，这两个教会组织决定在南京联合创办一所神学院，并为这所神学院取名为金陵神学院。在确定神学院教师人选时，他们想到了司徒雷登，认为他是一个非常合适的人选，并向他发出了邀请。
接到邀请后，司徒雷登对是否接受新工作感到为难。
从本意上说，当教师曾一度是他的理想，而且大学毕业后，他也曾有过教书的经历，现在去神学院等于是重操旧业，相信一定能够胜任新的工作。然而，经过三年多的努力，他已经完全适应了传教士的生活，并从中找到了乐趣。如果让他马上放弃手头的工作，换一种生活方式，还真有点儿舍不得和不适应。考虑再三，他决定还是暂时维持现状比较好。
可金陵神学院没有因为他的推辞而作罢。一再向他发出邀请。在左右为难之际，司徒雷登把决定权交给了他所属的布道团。他要让布道团的同事们为他的去留做出表决。结果除一人外，与他共事的传教士们几乎众口一词地赞成他到金陵神学院去当教师。既然人们都认为他更适合当老师，他只好服从集体的决定。
司徒雷登以后的命运就这样由别人替他决定了。
1908年夏，当金陵神学院正式开办之际，司徒雷登把家搬到南京，在神学院经文注释系主持《新约圣经》的教学和研究工作。
就在这一年，孙中山领导的资产阶级民主革命组织同盟会在中国的南方连续策划和发动了六次武装起义。孙中山为同盟会提出的“驱除鞑虏，恢复中华，创立民国，平均地权”的宗旨越来越得到中国各阶层人民的认同。清王朝的封建统治已陷入穷途末路的境地。
1908年11月，光绪皇帝和慈禧太后在三天里相继去世。慈禧在临终前，指定醇亲王载沣未满四岁的长子溥仪登基，载沣任摄政王，掌管朝政，光绪的皇后隆裕晋升为皇太后，垂帘听政。一时间，原本因革命党频繁发动武装起义而早就动荡不安的政局，陷入更为混乱的状态。对中国国情日趋了解的司徒雷登敏锐地觉察到“革命的意识已经弥漫全国，人们在进行着秘密活动，并不断遭到清室的镇压”。
当然，此时的司徒雷登还无暇参与中国的政治，刚开始的新工作和新生活，占据了他的全部时间与精力。
对司徒雷登来说，南京的教师生活远比在杭州乡下布道要紧张得多。初创时期的金陵神学院各方面条件都比较差，加上学生的知识水平参差不齐，给教学带来许多困难。司徒雷登既要组织教学，给学生上课，又要不断用新的知识充实自己，还要分担一些系里的其他杂事，忙得不亦乐乎。尽管如此，他依然没有忘记抽出时间学讲南京话。每到一个地方就积极学习当地的方言，几乎成了司徒雷登的一大爱好。他深知只有会说当地话，才能更好地与当地人交往的道理。而在中国待的时间越长，他在语言方面的天赋就越是突出地表现出来。
司徒雷登除了在金陵神学院执教外，还经常到附近的金陵大学参加一些宗教研究小组的活动，或给学生们上《圣经》课。与在美国一样，司徒雷登成为基督教青年会的积极分子，经常应邀参加青年会召开的各种科学报告会、讨论会和其他社交活动。在公开场合，司徒雷登总是尽可能说中文。他的汉语日渐纯熟。