从自我审查到政府管控
我们可以把西拉德的保密尝试分为三个阶段：第一个阶段是个人的自我审查，他试图说服自己的同事自愿搁置研究成果；第二个阶段是他做出了妥协，同时他的同事同意将研究论文提交给期刊，但要与期刊达成协议，需等到时机合适才可发表；第三个阶段更加大胆，他与《物理评论》的编辑达成协议，在成果发表之前将所有关于核裂变的文章筛选出来，无论文章的提交者是否参与自我审查协议。从一个阶段过渡到另一个阶段的每一个步骤都是微调，且颇为微妙，但最终的结果与最初的尝试相比已经完全不同。主导权正逐渐从科学家手中转移到其他人手中。
法国研究团队公布链式反应后引起了全世界物理学界的关注。在美国，西拉德在阿尔伯特·爱因斯坦等人的帮助下，成功地引起了富兰克林·罗斯福总统的注意（西拉德曾多次试图引起美国政府普通官员的兴趣，但都以失败告终），部分原因是西拉德指出了约里奥研究的重要意义，并引用了“德国人对此抱有浓厚兴趣”的资料。
1939年10月，罗斯福总统授权成立了一个铀咨询委员会，由美国标准局局长莱曼·布里格斯领导。这群人认为没必要开展大规模的协调工作，也无甚紧迫性。而且，由于布里格斯本人觉得事不关己，自然态度保守，但他又希望将此事保持在有限的讨论范围内，铀咨询委员会的工作因此受阻。该委员会的目标是调查核技术是否具有潜在的重要军事意义。无论如何，在这个阶段，这根本不是一项生产工作，它至多算是一项可行性研究，只能产出一些报告和建议，而不是实质的原子弹。
官方对这一项目缺乏热情的原因之一是制造核武器的技术可能性显得越发渺茫。1939年3月，尼尔斯·玻尔和约翰·惠勒发表了一篇关于铀裂变理论的权威论文，结论是所有观测到的裂变都来自一种同位素——铀-235。铀-235是可裂变的，这意味着它会从铀裂变产生的中子中裂变，从而产生链式反应。但在自然界中发现的铀几乎都是另一种同位素——铀-238，这种同位素不会裂变。相反，它会在没有裂变的情况下吸收大部分中子，从而抑制链式反应。由于铀-235和铀-238具有化学同质性，因此很难将两者分离。要在物理上将它们区分开，需要依靠它们微小的质量差异（3个中子，它们的质量差仅为1%），科学家从未全面考虑过这一问题。由于天然铀中的铀-235占比不足1%，制造核弹的可行性显得越来越小，而铀-235仍然被视作核反应堆的关键要素。
然而，在1940年4月下旬铀咨询委员会的一次会议上，西拉德再次提起限制有关核裂变研究结果发表、出版的话题。作为与会观察员，美国海军上将哈罗德·鲍文建议，科学家应该进行自我审查，而无须美国政府介入。西拉德一方面继续自我审查，另一方面再次运用自己强大的说服力，使普林斯顿大学物理学家路易斯·特纳放弃发表一篇理论研究论文，该文得出结论：中子对铀-238的轰击将产生一种新的裂变元素，即后来被其他几位研究者称为“钚”的元素。此事至关重要，需要保密，因为新发现将开启一种可能性，即核反应堆可用于制造原子弹所需的另一种燃料。
西拉德把这个新发现当作一次机会，再次提议对核裂变研究进行集中管理，但他还没来得及真正地推动实施，1940年6月中旬加州大学伯克利分校的《物理评论》上就又出现了一篇文章，宣布从对铀的轰击中发现了新元素“镎”。镎本身并不是非常有趣，但大多数物理学家都很容易看出镎会发生放射性衰变，变成可裂变的钚。其实，德国人在该文发表后的一个月内就做出了这个判断。
钚存在的理论可能性使威斯康星大学的一位物理学家格雷戈里·布赖特加入了西拉德的阵营。布赖特加入铀咨询委员会已有一段时间，并且跟踪了那篇关于镎的论文的发表情况，他觉得是时候对核裂变研究进行有组织的审查了。此外，布赖特成为美国国家科学院的新成员，并被任命为美国国家科学研究委员会下辖的物理科学部负责人。布赖特写信告诉西拉德，他已经成立了一个委员会来审查核裂变研究方面的出版物。已经要求“通过官方渠道”实施正式管控，但事情的进展遭遇了“不可避免的延误”。
西拉德和布赖特开始强化他们新的保密意图。他们再次与英国人接触，担心法国的沦陷将意味着约里奥会试图在美国以外的国家发表一系列文章。西拉德鼓励科学家进一步自愿保密的观念催生了一个即将出现的概念——机密期刊。他在给布赖特的信中指出，“我比以前更强烈地感觉到，除非我们以私人出版物的形式创造一个令人满意的替代物（机密期刊），否则你阻止出版的努力将付之东流”，“如果不这样做，就会出现越来越明显的放纵倾向，最后几乎所有的研究结果都会像过去那样出版面世”。
一周后，布赖特又给西拉德写信。阻止关于核裂变的新研究结果发表是一回事，但那些值得信赖的、研究该问题的科学家也有权看到这些成果吧？布赖特赞成在信得过的人中间“广泛传播”这样的作品。但铀咨询委员会的其他成员表示反对，他们对谁来做出这个决定，以及西拉德会把哪些人列入名单心存疑虑。这是一个重要问题：任何有希望成功的保密制度都必须确定谁应该接触到秘密，以及谁不应该接触到秘密。是否会有美国科学家轻率行事，或者出现更糟糕的情况？是否会有人背信弃义？如何能知道相关情况呢？
布赖特和西拉德开始建立的体系仍然是一个非常初级的保密制度，但他们已经开始设计一套系统来识别他们认为危险的信息。他们在考虑哪些人应该获得这些信息，因为完全保密反而会阻碍他们的步伐。他们设计了一个原始的系统来处理被认定为机密的信息，却仍然对违反保密制度造成的后果缺乏考量，在第二次世界大战期间发生的事情就提供了实际例证。
说起来可能令人惊讶，但从法律角度来看，在20世纪之前，美国政府在保密方面的制度非常少，这个国家在保密上是个后来者。美国的立国文书中没有有关保密的具体规定，反而对信息公开给予强有力的保护。建国后，美国政府之所以能在宪法的框架下行使巨大的权力，是基于美国政府可以在维护国家安全方面采取行动的假设。直到进入冷战时期，美国才把维护国家安全的任务转化为具体实在的法律条例。
确定美国第一部关于保密的法律的日期不太容易。例如，在美国内战期间，虽然美国军队在限制记者的行动和新闻出版方面有很大权力，并且可以处决可疑的军事间谍，但这些制度并没有得到法律法规的支持。在很大程度上，这只是一个非正式制度，实施时颇为随意，也不需要假装有多严谨，这些制度后来延续到了和平时期。人们可以在文件上标注“秘密”，但这并不意味着赋予该文件特殊的法律地位。对上述文件的读者来说，这只是一个暗示，即他们应该小心对待正在阅读的东西，但这并不意味着有某些具体规定适用于该文件的处理或使用，也不意味着如果有人滥用保密规则将会受到某种法律惩处。直到19世纪末，美国军事部门才制定了有关接触相关设施或信息的正式规定；直到20世纪初，该部门才对保密分级制度的统一性做了仔细审查。美国的第一部国防机密法案——《1911年国防机密法案》于1911年实施，它效仿了英国《1911年官方保密法》，规范了与国防有关的船舶和设施的照片拍摄标准以及草图绘制要求。
大约在第一次世界大战爆发之初，美国官方开始更加关注美国政府和军事保密工作的正规化。涉及信息管理，特别是技术信息管理的军事法规数量成倍增加。新技术武器的部署——飞机、先进火炮、毒气装置，以及潜艇——意味着管理松懈的科学技术知识可能造成史上未曾有过的严重威胁。与美国以往参与的任何一场战争相比，在第一次世界大战中科学技术不仅越来越被视为现代奇观，而且越来越被视为决定武装冲突胜负的强大因素。当时，美国在军事技术方面储备不足，因而迅速对技术知识产生了畏惧之心。在第一次世界大战后期，美国陆军缺乏防毒面具、攻击性化学品和训练军队适应新武器所需的专业知识。尽管威尔逊政府在参战前的几年曾尝试紧急动员美国国家科学院，让科学家把他们的技术知识更好地与军事机构建立联系，但情况未见改观。美国的科学家最终响应了政府的号召，但那是一种无序的、很难算作成功的合作。参与该工作的几位年轻科学家在几十年后，也就是在下一次世界大战迫近时，才在美国政府组织的国防科学研究工作中发挥关键作用，他们从当年杂乱无章的经历中获取经验，并将曾经的经历视为一种灵感之源。
在美国卷入第一次世界大战后不久，美国国会颁布了《1917年间谍法案》，这是一项有争议的立法，至今仍然有效。《1917年间谍法案》取代了既有的《1911年国防机密法案》，涵盖了大量被禁止的情报收集活动，包括任何会提供“与国防有关的船只、飞机、国防工程、海军船坞、海军基地、潜艇基地、加油站、堡垒、炮台、鱼雷发射站、运河、铁路、兵工厂、营地、工厂、矿山、电报、电话、无线电报站、信号站、建筑、办公室或其他场所”信息的情报。这份清单所列出的值得被保护的秘密几乎都与具体的物理空间有关，而不是抽象的科学。针对保守秘密的形式还有详细论述，包括：禁止复制、拍摄、制作“与国防有关的任何草图、照片、摄影底片、蓝图、计划、地图、模型、仪器、设备、文件、文字或笔记”。
从这个角度来看，由于其对秘密的狭义定义主要与具体的物理空间有关，因此这项立法的可扩展性可能不如后来出现的技术保密制度。根据对《1917年间谍法案》的狭义解读，任何科学秘密，如涉及化学武器开发的秘密，被定密的主要原因在于研发它们的工作是在美国政府设施中进行的，而不是其本身具有危险性。然而，“与国防有关的任何草图、照片（等）”这种表述的模糊性将最终被证明在法律解释上过于灵活。再加上与国防有关的各类法规（主要由总统行政令颁布），《1917年间谍法案》将在美国保密工作中起到法律支柱的作用。除了该法案在后来的应用，直到今天，它还因1918年新增的附录而臭名昭著，即众所周知的《1918年煽动叛乱法案》，该附录赋予了美国政府审查媒体的广泛权力。
1917年还颁布了一项针对专利保密的法律，提出的明确目标是控制有害技术的传播。从后来的保密标准来看，它的运作方式相对粗糙。如果在战时，一位发明家提交了一份专利申请，而专利专员认为该专利落入敌手可能会对美国的战争优势造成威胁，那么该专利就会被暂时保密。如果发明者在其他地方披露该发明，他将丧失在美国的专利权。在战争结束后，根据专利专员的决定，该申请将获准继续在专利局进行正常的审核。如果被批准，并且在战争期间曾被美国使用，那么发明者可以申请司法赔偿（并且在此类情况下，可以提起任何关于科研优势权利的诉讼）。这项新法律的灵感源于对潜艇的极度恐惧。这种新武器在当时属于技术奇迹，且关乎人类生存，正如一名众议院议员在1917年的一次听证会上所说，“它是我们在这场战争中要面对的最致命武器”。由此产生的立法是第一部专门针对危险技术信息的保密法案，但它的最初形式只限于专利申请，而且仅限于战时。
如果说第一次世界大战标志着美国现代保密制度的诞生，以及对技术保密的首次尝试，那么第二次世界大战则见证了其“青春期”的成长。正是在这一阶段，保密制度成为日常条例，在战争期间创造的规则、条例、习惯和文化，包括但不限于那些关于核保密的规则和条例，一直沿用到第二次世界大战后一段时期和冷战时期。1939年，纳粹德国在欧洲采取行动后，美国也缓慢地开始了动员和准备，远早于珍珠港事件的发生。背景调查和各类审查的重要性达到了空前的高度，仅美国联邦调查局就对大约1 000万人做了背景调查。当时，信息管理时代尚未到来，面对巨大的任务量和对存储能力的迫切需求，美国联邦调查局征用了华盛顿军械库（也是具备多重功能的体育场和礼堂）来存放新增的指纹卡片柜。
从法律视角来看，20世纪30年代末颁布的各种法规是在第一次世界大战时期制定的法规的基础上进行了更新和扩展，比如更新的专利保密法规，这很明显是在为美国参战做准备。从其他视角来看，这可能只是立法方面的准备工作。例如，1940年3月，罗斯福总统发布了第8381号行政令，以“保护某些重要的军事和海军设施设备”，正式采用了“机密”“秘密”和“限制”的军事机密分类类别（“绝密”类别直到1944年才出现）。这也成了有史以来第一条将美国的保密制度按照编号编纂成册的总统行政令。每届总统的此类行政令都比军事条例的修改具有更高的法律权威性，而且比美国国会修订法案更容易。即使在今天，这仍是美国保密制度的法律框架。《1917年间谍法案》规定了惩罚措施及法定权力，而总统行政令（自第二次世界大战以来，几乎每届总统都发布了关于保密程序的行政令）为该制度的普遍运用提供了更正式的框架（例如，保密的分级分类和相关定义，还包含对有争议情况的具体指导和解释，如是否赞成保密或解密），而军队和行政机构则依照这些规定来制定本领域或本单位的具体条例，以推动美国整体保密制度的发展。
原子弹就是在这样的背景下出现的：这些法律、技术保密制度已在美国存在，但它们刚刚问世，尚未经过检验，从未被应用在像美国原子弹计划这样规模庞大的事情上。
在第二次世界大战之前，美国政府与科学技术发展之间的关系，即使是在军事应用方面，也通常是临时性的，彼此之间既缺乏热情，也没有进行很好的协调。它们之间确实存在过一段关系，但并不深厚。美国工业技术的价值毋庸置疑，但基础科学的作用是不确定的。直到20世纪，科学技术在美国的地位才开始逐步接近欧洲。从某种程度来讲，20世纪30年代欧洲难民潮带来的人才流失，助推了美国科技地位的提升。在整个第一次世界大战期间，军队和科学研究者的关系普遍不好，但第一次世界大战让世界各国政府开始关注科技创新，各国政府发现，在某些情况下，科技创新对战斗结果的积极影响会超过战术、士气和训练。
第二次世界大战开始几个月后，美国政府终于开始认真对待科学。这一转变在很大程度上要归功于范内瓦·布什，他是一位颇具影响力的科学家兼行政官员。布什是电气工程专业出身，曾担任麻省理工学院副校长，1939年起他任卡内基学院负责人，并很快被任命为美国国家航空咨询委员会主席。委员会成员包括：哈佛大学校长詹姆斯·科南特、麻省理工学院校长卡尔·康普顿、加州理工学院研究生院院长理查德·托尔曼、美国国家科学院院长弗兰克·尤厄特等新崛起的领袖人物。他们都相信，有组织的科学行动在和平时期和战争时期都可以为社会做出显著贡献。该小组在罗斯福总统助手们的帮助下制订了一个计划，即要创建一个新的政府组织，该组织将负责推动、资助和协调美国科学界对国防项目的研究。1940年6月，当德国入侵法国时，罗斯福总统颁布行政令，设立国防研究委员会，并任命布什为主席。
在此之前，美国政府已决定铀咨询委员会将隶属国防研究委员会。布里格斯继续担任铀咨询委员会主席，而布什在铀咨询委员会名册上添加了其他学界领袖的名字。美国国防研究委员会下辖的铀咨询委员会直接向布什报告，这与美国国防研究委员会的大多数其他部门不同。为了符合美国陆军和海军的安全标准，只有出生于美国的科学家才能在铀咨询委员会任职，并且继续由美国国家科学研究委员会内部布赖特负责的部门管理科研成果的发表。
保密制度此时还未成为核裂变研究的决定性因素。该研究是秘密的，但还不是“特殊”的秘密。有关该计划的信件没有使用代号，而且往往根本不包含保密标记。布里格斯领导的委员会被称为“铀咨询委员会”这一事实本身就说明了这项工作看起来确实没什么前途——它在名字中就昭示了自己的研究主题。然而，具有讽刺意味的是，对布里格斯工作的主要批评却是它“太秘密了”。正如卡尔·康普顿在1941年初向布什所抱怨的：
据我分析，布里格斯生性慢条斯理且保守，习惯于以和平时期政府官僚的节奏开展工作。他一直遵循的原则也和他的性格一样，政策执行的过程又因保密要求受到进一步抑制……考虑到目前战争的紧急情况，快速实现目标肯定比过度保密更重要，如果德国科学家真的将一些应用投入实战，速度所起的作用将是非常明显的。
为了保密而忽视紧迫性是可以理解的，原子弹能否被造出来尚未可知，而那些内心惶恐的人最害怕德国人会领先。毕竟，美国还没有正式参战。科南特在1941年4月写给布什的信中充分表达在这个科学方面的保守观点，他说：“在我看来，无论密集研发的最终结果如何，所耗时间必定很长……我实在不愿意看到，我们这一小群顶尖人才中有太多人投入铀项目。”在这样一个不确定的项目上投入大量的时间和精力，将是对资源的糟糕利用，也是对布什和科南特组织的美国国家科学研究委员会擘画的一切目标的破坏，而他们二人一直为这些目标积极游说。
但情况从1941年开始迅速变化。布什在担任美国国防研究委员会主席后，基本上不再参加核裂变研究工作，但他很快再次获得提拔，他主管的美国国防研究委员会有能力协调研究工作，但没有办法进行大规模的技术开发和生产管理。于是布什再次去找罗斯福总统。1941年6月底，罗斯福总统再次颁布行政令，一个新的组织得以创建——科学研究和发展办公室。该机构拥有更大的权限和更多的预算，工作重心开始从实验室转移到与前线有关的工作上（虽然美国尚未参战）。布什也被赋予了更高的权限，他仅向罗斯福总统一人报告。布什领导了这个新组织，而科南特接替布什领导了国防研究委员会，该委员会作为科学研究和发展办公室的一个咨询小组继续存在。这些调整给布什职权范围内的各个项目赋予了更大的自由度，包括刚刚起步的铀项目。
在布什为科学研究和发展办公室争取各类权限的同时，加州大学伯克利分校欧内斯特·劳伦斯负责的辐射实验室取得的新数据表明，制造钚炸弹也许是可行的。同样，科学家对大规模铀浓缩的可行性也更有信心，且已经发现了若干浓缩铀的备选工艺。有了两种制造核武器的可行方法，布什对核裂变研究工作的重要性给予了更高的评价。芝加哥大学的阿瑟·康普顿为美国国家科学院做了一项可能性评估，他的结论是，核武器制造是困难的，但并非不可能。不过，比上述两者更重要的是来自英国原子能主管部门穆德委员会的报告。
尽管穆德委员会与铀咨询委员会的接触有限，而且事关保密问题，该报告并没有被广泛传播，但布什和科南特通过其他渠道收到了穆德委员会完成于7月的一份报告草案。英国物理学家确信，分离出几千克的铀-235，就可以进行快速链式核裂变反应，同时指出一颗原子弹的爆炸威力超过1 000吨梯恩梯炸药，而且按照目前的计划进度，预期在两年内就可以分离出足量的铀-235。这对于英国来说是个大工程，但对于美国或德国来说可能不是。事后证实，这份报告对所需的铀-235数量、攻克铀-235生产难关的速度等问题的预期均过于乐观。但对布什和科南特来说，这份报告令人振奋，它表明英国人认为可以制造出原子弹，而且他们已经制订了一个制造原子弹的计划。布什和科南特与加州大学伯克利分校的劳伦斯、芝加哥大学的康普顿一起制订计划，以期大幅提高美国的速度。
1941年10月，布什终于从布里格斯手中夺取了铀咨询委员会的控制权，在急速推进铀项目的同时，他和科南特也开始快速推进保密工作并强调保密纪律。当科南特招募科学家参与这个项目时，他会强调他们工作的高度机密性，并敦促他们注意自己在人前的言行，即使面对军事人员也必须谨言慎行。10月9日，布什前往白宫会见罗斯福总统和亨利·华莱士副总统。布什向罗斯福总统报告了英国科学家的乐观结论，并获批了一个内容更广泛的研究项目，且该项目独立于国防研究委员会。这还不是一个原子弹生产项目，但已经进入了一个新阶段。如果该项目被证明很有前景，其目标就是为未来工业化、大规模的原子弹生产提供基本概念、建设试点工厂并制订具体计划。罗斯福总统表示，可以根据需求“从一个特殊来源提供资金，投入这一不寻常的项目”。该“黑色预算”的资金来源特殊，可自由支配，不需要美国国会批准。罗斯福总统也给了布什明确指示，即“由今天上午出席会议的人，加上美国陆军部部长亨利·史汀生、乔治·马歇尔将军和您本人组成的小组来审议有关这个问题的政策”。布什询问其中是否包含海军部部长。布什后来写道，罗斯福总统“看着我，奇怪地笑了笑，说：‘不，我想现在还不行。’”
布什随即开始重组铀相关的项目，以便迅速地建立一个试验工厂，验证从天然铀中分离铀-235的可行性，并验证从核反应堆中获得钚的可能性。11月初，布什会见了罗斯福总统的“最高政策小组”成员，讨论铀问题，并敦促他们付出更多努力。也正是在此次会议上，美国陆军部部长亨利·史汀生第一次意识到原子弹的可能性。
在1941年11月，布什用一个月时间审查了整个计划并建议进一步加快进度。在获得了布什和科南特的同意后，该计划在科学研究和发展办公室的主持下全面展开。布什将直接向罗斯福总统报告此事，并向史汀生通报进展情况。铀相关的部门被重组，由阿瑟·康普顿负责芝加哥大学的基础物理测量工作，欧内斯特·劳伦斯在加州大学伯克利分校研究电磁同位素分离，哈罗德·尤里在哥伦比亚大学研究通过离心机和气体扩散的方式进行同位素分离。这几位科学家均为诺贝尔奖得主，且都有管理大型项目的经验。同时，让军队建造试验工厂的计划也正在被制订。这些工作最终完成于日本偷袭珍珠港的前一天。