对于儒家哲学，方东美不同于其他现代新儒家取法宋儒的做法，而是径取先秦原始儒家。他认为，只有先秦儒家才带有元气淋漓之精神，而后儒则未免带有支离乃至“萎缩”之色彩。具体到先秦儒家之代表，自然应以孔孟为代表，但由于方东美采取“形而上”的哲学研究方式，《论语》乃至《孟子》的文本形式自然难入其法眼——虽然方氏对孔孟怀有景仰之情。
方氏以为，最能代表先秦儒家哲学精神的当属《周易》与《尚书》。因此，对原始儒家的研究，方东美主要围绕上述两著而展开。
