最早的居民（至约前1.3万）

无人确知日本列岛上最早出现人类是在何时。有些学者声称50万年前日本列岛上就已出现人类，有些学者甚至预期将来能证明100万年前就有人类出现在岛上。虽然已知的日本最早人类化石仅仅溯至约3万年前，目前一般学者接受的说法是约20万年前日本列岛上已出现人类。

直至冰河时代末期结束时，即大约1.5万年前，日本才借由若干陆桥与亚洲大陆连接在一起。这些陆桥是北方的库页岛、西边的对马岛，以及南方的琉球群岛。换句话说，移居这个地区并不难。移民一拨一拨抵达，特别是约3万年前从东亚和东南亚，接着是约1.4万年前来自东北亚的移民。

我们难以确切地描述旧石器时代的生活，其主要原因是当时的海岸线目前大都深深地没入水中。当时的海岸活动可能比现存的内陆遗址所显示的多很多。

迄今浮现出来的图像，基本上是随着季节移动的一小群一小群的狩猎者和采集者。狩猎者的目标不仅有野猪、鹿，还有诸如象、野牛等大猎物，但在旧石器时代末期，这些猎物越来越少，原因是气候变暖和随着人口的增加而增多的狩猎活动。采集者则寻找各类浆果和坚果。

旧石器时代群体由几个大家庭构成，人口约20—150人。大家庭对于儿童的养育是很重要的，因为许多父母在30岁前就死了，许多孤儿需要成人之中较长寿者的保护。虽然人口不断增加，但可能从未超过2万人。

作为机动的猎人和采集者，大多数群体可能只有暂时的季节性住地。然而，在这一时代末期有些人群定居了下来，有了一定程度的专业化，并产生了交易。早在2万年前，黑曜石（用来制作工具的火山玻璃）就被用于交易，范围至少达150千米。几乎可以肯定，这是以水路运输，同时也显示船很早就已被使用。

重要的旧石器时代遗址包括宫城县高森、栃木县星野、长崎县福井洞穴、东京都调布市附近的野川、群马县岩宿，以及冲绳县港川。从港川挖出的生活在约1.7万年前、高155厘米的一具男性遗骸来判断，日本旧石器时代的人依现代标准似乎块头较小，类似东亚其他地区旧石器时代的人。

直至第二次世界大战后，日本考古学者一直倾向于依据《古事记》《日本书纪》等神话与史实混杂的古史来解释考古发现，史前史知识的建立因此受到阻碍。史前史知识目前正在增加，但仍有许多有待被发现。目前甚至仍不清楚最早居民是智人还是较早期的直立人。