新的开端：弥生时代（约前400—公元250）
约公元前400年——根据一些学者的看法，或者可能甚至早至公元前1000年——外来移民强力入侵日本。
移民一拨接一拨从大陆抵达，他们在外形与文化上和绳文人相当不同。他们皮肤较白皙，身材较高，脸庞较窄。他们的文化包括青铜与铁等技术，也更加依赖稻作。
对于这批移民潮的性质、规模甚至动机、起源，学者们的意见极为分歧。尽管确切情况不详，但清楚的是，新来者很可能最初抵达了九州西北部，并且彻底改变了日本的面貌。从遗传学上看，现代日本54%的男性和66%的女性显示出中国和朝鲜血统，这即是对这次移民潮的反映。在实物证据上，这个时期的朝鲜和中国手工制品均有发现。
1884年，东京弥生町首次发现一种无装饰、带红色的新型陶器，并认定它不同于绳文陶器，学者们就以“弥生”命名这个新时代。这个名称未能表达这个时代的活力，因为当时学者们还不了解该时代。
弥生时代总是被紧密地和稻作联系在一起。起初，学者以为稻作是由新移民带来的，但现在我们已知道那是过度简单化的说法。更早的时候，稻作已被引进。然而，在弥生时代稻作才被大规模地推广，特别是水田的种植，而且是在南部与西部，这清楚地反映了新来者的文化偏好。这将成为后来直至现今日本人的文化基础。
如青铜与铁的传播一样，稻作的传播反映出移民可能的移动。至公元1世纪左右，稻作从西南部相当迅速地传播至本州中部，但进一步向北传播则较缓慢。虽然稻作、青铜及铁从早期阶段就已存在于北部，但并未被大规模采用，而北部直至8世纪，甚至更晚仍停留在绳文阶段。简言之，北部与南部之间存在着巨大的文化差异——今日北海道阿伊努人的存在仍象征着该差异。
日本出产有限的金属矿，因此金属用具一般和高地位有关。然而，持有金属的“象征地位的物品”并不是当时社会愈来愈阶层化的唯一因素。如同大多数的农业发展一样，稻作引起社会内部资源基础的缩小，使社会精英较容易控制社会资源。稻作也导致较永久的定居、较广泛的领土确认，以及保卫且扩大边界的需要，特别是当人口增至约200万时。战争随之增加，持有金属武器加上有能力号召战士的人，他们的社会地位进一步提升。当然，部落之间战争愈来愈频繁，使得各部落依据战斗胜负而排列等级。
在这愈来愈阶层化的世界，奴役很常见。低阶者在路上遇见高阶者时退至路旁并鞠躬让后者通过——这种习俗延至19世纪。阶层由头衔来区分，高阶男子有四五个妻子，较低阶的男子也有两三个妻子。
加速阶层化的另一个因素是财富，特别是经商带来的财富。有些部落够幸运，在他们的领地内有金属资源。有些部落因新技术的发展获利，例如约公元1世纪起在九州生产的丝绸。玻璃技术与冶金也有所发展。产品多样化导致交易增加，包括与大陆之间的交易以及列岛内的交易，而且每一个区域都有一个市场。爱知县朝日，就是一个这样的交易中心，它是迄今为止发现的弥生定居地遗址中最大的，占地约0.8平方千米，而典型的定居地介于0.02—0.28平方千米之间。
部落之间的战争、精英的出现及控制资源的竞争，导致政治化程度不断加深。许多部落首长与邻近的部落缔结同盟，组成了无数的小王国。
对于这些小王国的知识，如同我们对于弥生时代的了解，大都来自中国文献。有关日本的最早文字记载，从大约公元82年成书的《汉书》里可以找到。《汉书·地理志》提到由100个王国组成的倭地（早期中国史书称日本为“倭”），倭人定期携贡物来汉朝在朝鲜的领地乐浪郡（建立于公元前108年）朝贡。较详细的描述可以在290年成书的《三国志·魏书》里找到，《魏书·东夷传》也记载了当时的朝鲜、中国的东北地区。
《魏书》描写魏使臣在240年访倭地，对100个倭国中最强大的邪马台国描写得最为详细。邪马台国由一个未婚的巫术女王卑弥呼统治。她是一个在多年战争后获得权力、“事鬼道能惑众”的谜样人物。她定居在城堡里，由100名男子守卫，1000名婢女、1名男子服侍。她通过这名男侍和外界沟通。她关切灵界的事，把统治的行政事务交给其弟。
依照至少公元57年以来有些倭国统治者遵守的习惯，卑弥呼在238年派遣朝贡团来魏。结果，像那些倭国统治者一样，她的统治地位获得魏的承认。然而，和其他倭国统治者不一样的是，她似乎被承认为整个倭地的统治者，而不仅是倭地之中一个王国的统治者而已。她也获得魏帝赠送的礼物，包括衣料、珠宝及镜子。她送给魏帝的礼物包括奴隶、衣料及朱砂。
依据《倭人传》，卑弥呼死于248年，享年65岁，下葬时有100名奴婢陪葬。她死后立一名男性为王，但民众拒绝服从，邪马台国陷于大乱，统治者重新协议，立卑弥呼宗女、13岁的壹与为王，国渐安定。
邪马台国是当时日本的权力中心，其他大多数倭国都效忠它。邪马台国究竟位于何处，一直是学者争论的焦点。对《倭人传》的描述有极为不同的解释。大多数学者认为，邪马台就是几百年后在奈良盆地出现的日本第一个国家大和朝廷，但有些学者则认为邪马台国位于北九州。
《魏书》与其他中国文献有关倭地的描述，乃是弥生时代与较早时代之间的一大差别——从史前史转变成有文字记载的历史。
这个时代本身是短时期内发生巨变的时代。这一时期，人们从狩猎者、采集者变成耕种者，使用的工具从石器变成金属工具。居所固定，社会明显阶层化。这些变革是社会、政治统一体成为国家的经济、技术基础。