Gerbode Defect主要应与三尖瓣反流、主动脉窦瘤破入右心房等病变鉴别，根据分流束的起源部位和时相的不同进行鉴别。三尖瓣反流时右心房内的射流来自右心室，而Gerbode Defect的分流起自膜部室间隔。主动脉窦瘤破入右心房时，由于主动脉和右心房的压力差存在，分流呈持续性，以舒张期为主，而Gerbode Defcet产生的分流主要位于收缩期。