自1999年7月港口航道泥沙实验室被认定为交通部重点实验室以来,南科院已建有1个国家重点实验室、1个国家级国际联合研究中心、2个水利部重点实验室、2个交通行业重点实验室、1个国家能源研发中心、4个水利部工程技术研究中心,共11个国家和部级科技创新平台。