肾小球免疫荧光通常为IgG为主的沉积，并出现C4、C1q与C3共沉积。IgG、IgA、IgM以及C3、C4、C1q染色均阳性，称之为“满堂亮”。对LN的诊断有重要的提示意义。免疫复合物在小管-间质沉积也是LN的特点之一。各型均可见小管-间质免疫荧光染色阳性（以Ⅳ型最突出）。

多数肾小球电子致密沉积物呈颗粒状。