干细胞巢对细胞决定（cell decision）有重要影响。干细胞是分化还是继续保持干细胞状态依赖于干细胞巢的微环境。无论正常体细胞或CSC都有存在的微环境。这个微环境对控制细胞静止、增殖和生存有主要作用。越来越多的研究表明，作为与肿瘤密不可分的局部微环境对肿瘤进展起着不容忽视的重要作用。微环境与肿瘤细胞之间是密不可分的功能整体。肿瘤的发生发展并非由上皮细胞或微环境单方面决定，而由二者相互作用所构成的肿瘤－宿主界面微环境的平衡状态所决定。彼此共生共栖，从而实现恶性转化、生长和转移。

微环境构成了肿瘤起始细胞赖以生长的支架和屏障。例如，微环境中的某些角落（niche）会为某些肿瘤细胞亚群提供一个庇护所，从而使这些细胞亚群对治疗产生天然的抵抗。微环境也直接参与了肿瘤发生阶段。炎症的微环境有促肿瘤作用，有助于细胞的增殖和生存，促血管生成与转移，干预免疫反应，改变对激素和化疗的效应。另外，微环境可控制肿瘤细胞的进展，使之处于休眠状态，而改变的微环境又可使肿瘤细胞再度活化。