2003年抗击SARS疫情之后，我国建立了较为完善的突发公共卫生事件监测系统。同时，对可能引起突发公共卫生事件的相关因素，如传染病疫情、食物中毒、职业中毒等，也建立了相应的监测系统。

目前，我国对突发公共卫生事件及其相关因素开展监测的主要信息来源是中国疾病预防控制信息系统（网络直报系统）。该系统由突发公共卫生事件信息管理系统（突发网）、传染病监测报告管理系统（大疫情网）、其他专病和健康危害因素报告管理系统组成。实验室监测网络、出入境口岸卫生检疫监测网络等，也是突发公共卫生事件监测的重要信息来源。

我国的突发公共卫生事件监测系统是以多类突发公共卫生事件报告为基础的。国家法定的突发公共卫生事件报告管理信息系统，是中国疾病预防控制信息系统的一个重要的子系统，用于重大传染病疫情、群体性不明原因疾病、食物中毒、职业中毒、农药中毒、其他化学中毒事件、环境卫生事件、免疫接种事件、医院内感染、放射性卫生事件及其他公共卫生事件的综合监测，实现对突发公共卫生事件的网上报告、确认、上报、审批、预警等功能，满足中央、省（自治区、直辖市）、市（地区）、县（区）四级疾病预防控制机构对突发公共卫生事件的动态监测。监测机构可连续、系统的报告某事件的相关信息，主要包括信息来源、事件发生的时间及地点、波及人群、事件类别、事件级别、流行病学分布、实验室检测结果、危害程度、危害因素及采取的控制措施等。该系统是我国独具特色的以事件为基础的突发公共卫生事件报告系统，它不但包括符合突发公共卫生事件定义或定级标准的事件的报告，也包括尚达不到上述标准的事件相关信息的报告。

对于已经报告到突发公共卫生事件报告系统中的每起突发公共卫生事件信息或相关信息，都可作为风险评估的信息来源。

突发公共卫生事件的定期分析，如周分析、月分析、季分析、年分析结果，是分析各类突发公共卫生事件发生的总体趋势，以及有无异常变化的依据，也是风险评估的重要信息来源。

2004年起，全国启动了法定传染病监测信息的网络直报系统，该系统覆盖了包括乡镇卫生院及以上所有医疗卫生机构，在责任报告单位发现传染病时能够高效、快速、准确地报告，实现了中央、省、市、区四级疾病预防控制中心对传染病疫情信息同时进行实时动态监测，形成了传染病监测信息的一体化管理和共享。它能动态监测各地传染病疫情的发生、发展情况，并对监测结果实行个案化管理与分析。

法定报告传染病监测是我国传染病类突发公共卫生事件监测信息的最主要来源，可靠性强。根据对法定传染病报告发病、死亡信息进行人群、地区、时间三间分布的动态分析，可以及时发现各种传染病的异常聚集性病例或传染病类事件的苗头。及时捕获这些苗头信息，可以有效促进传染病类突发公共卫生事件的早期发现，对于这些苗头信息，应随时开展风险评估，及时开展风险沟通。

法定报告传染病的定期分析，如周分析、月分析、季分析、年分析等则可以提供各种传染病的长期变化，通过与上期疫情和历史疫情的比较，可以提示近期各种传染病的变化趋势有无异常，后期某种传染病疫情将出现上升还是下降等，这类监测信息应是风险评估的重要信息来源之一。

基于法定传染病网络直报系统的传染病自动预警系统是根据我国法定传染病监测报告特点开发建立起来的自动预警系统，包括基于时间的自动预警、基于时间－空间的自动预警，目前已经逐步推广到全国县级疾病预防控制机构使用。该系统的开发使用，有效地提高了传染病异常聚集性病例的早期发现，通过对自动预警系统产生的预警信息进行分析、核实，可有效地提高异常聚集性传染病疫情发现的及时性。对于经过调查核实的自动预警信息，应该纳入风险评估的范畴。

有人通过对2005年全国传染病类突发公共卫生事件的信息来源的统计发现：全国1365起传染病类突发公共卫生事件中仅有5.4%（74起）是利用网络直报系统发现的。2009年，调查结果表明，地市和区县疾病预防控制中心通过网络直报系统发现传染病异常情况，而最终确定为传染病突发公共卫生事件的分别为100%和95.45%。这主要是因为基层疾病预防控制人员可根据网络报告病例的疾病特征、三间分布，以及自己的工作经验等进行初步分析，在开展流行病学现场调查的基础上，结合所掌握的判定标准，以及上级部门的协助进行确定。因此，网络直报系统为基层疾控人员早期发现传染病类突发公共卫生事件提供了一个非常好的平台。

各地应充分利用现有的传染病自动预警系统，对自动预警系统产生的预警信息及时进行分析、核实，及时发现异常聚集性传染病疫情；也应充分发挥各级疾病预防控制机构疫情分析人员的主观能动性，对发现的异常聚集性传染病疫情应及时报告，流行病学调查人员应及时进行现场调查，以便在风险沟通时使用调查结果，以更好地预防和控制传染病。

重点传染病监测、食源性疾病监测、职业危害因素监测、环境卫生学监测、症状监测等各类专病和健康危害因素监测，可以提供传染病、中毒事件等发生的相关因素、人群脆弱性等信息。如重点传染病监测可以为传染病类突发公共卫生事件风险评估提供准确可靠的专业基础信息，除可提供更加准确的传染病发病、死亡信息外，还可以提供媒介、宿主动物的种类、密度、病原携带情况，传染病病原学的变化，人群免疫水平，饮水、饮食卫生状况，粪便管理现状等相关因素的信息。同样，食源性疾病、食品污染物的监测信息，也可以为食物中毒、食品安全事件的风险评估提供科学基础。科学、可靠的专病和健康危害因素监测信息不但是专题风险评估的重要信息来源和基础，也可能成为日常风险评估的重要信息来源。例如，人兽共患病监测系统发现的媒介、宿主动物的重要变化，疫苗针对传染病监测系统发现疫苗接种率或人群免疫水平的明显下降，食品污染物监测系统发现的某种食源性致病菌分离率的明显增高等，都应纳入日常风险评估的范畴，及时开展风险评估工作。