合适的造血干细胞供者是进行异基因HSCT的前提。HLA完全相合的健康同胞是最理想的造血干细胞来源。但同胞间HLA相合的几率为25%～30%，由于我国实行计划生育政策，同胞间HLA相合的供者将越来越少。非血缘志愿供者、脐带血和HLA不合或单倍体相合亲属供者是造血干细胞的重要来源。随着移植技术的进步，HSCT已经告别了供者来源困难的时代，从早期HLA全相合同胞发展到非血缘和单倍型供者等多种供者选择。随着单倍型移植技术的迅猛发展，单倍型供者的选择以及不同供者来源间的选择原则，近几年国内外达成了一些共识。供者的选择应在专家共识的基础上，结合患者和备选供者具体情况，并结合移植单位的经验决定。

根据供受者的关系可分为异体和自体移植（ASCT）；异体移植又可分为同基因和同种异基因移植。同基因供者的认定仅有HLA配型相合是不够的，要检测DNA序列；同种异基因又包括HLA配型相合或不合的血缘或非血缘移植。根据移植物的来源可分为骨髓、外周血和脐带血移植。