MHC也被称为人类白细胞抗原（HLA）复合体，位于人第6号染色体短臂6p21.31，DNA片段长度约为4Mb。MHC的基因产物是参与抗原递呈和T细胞激活的关键分子，在免疫应答的启动和调节中发挥重要作用。在免疫过程中，T细胞特异性识别APC所递呈的抗原肽-MHC分子复合物，即外来抗原需要经过APC的处理并与“自己”的MHC分子结合后才能被T细胞识别，从而引发一系列免疫反应。MHC在抗原递呈过程中的作用也就解释了MHC在人群中的高度多态性：MHC的多态性越广，免疫系统能处理的抗原肽就越多。因此，MHC通过选择能够结合并递呈给T细胞的抗原影响T细胞的免疫反应。鉴于此，MHC分子在移植中也具有重要的作用。

20世纪50年代初人们发现多次输血患者的血清能够使献血者的白细胞凝集，直到1958年Dausset检出了第一个人类白细胞抗原。因为该抗原首先在白细胞表面被发现，因此人类MHC被称为人类白细胞抗原。1964年举行了第一届国际性组织相容性讨论会（IHWS），通过国际间的协作，大大加快了HLA的研究进展，同时也将HLA分型方法和HLA命名标准化。