真菌的命名目前仍然依照植物命名法规。国际植物命名法规是共同使用的精确而简明的命名制度，是为了避免命名混乱而制定的。物种的名称仅代表其在分类学上的等级和特定位置、范围，并不表示其特征和历史。此法规并无强制性，应自觉遵守。

法规的开端始于1771年瑞典植物学家林奈，在给植物命名时发表的一些原则。其原则如下：①两个属不同，不能有相同的属名，同属的各个种不能有相同的种加词。②承认优先律。③双名制。④成立命名法规。即一个完整物种拉丁学名由属名+种名加词（种加词）+命名人姓氏+命名时间等4部分组成。其中属名和种加词是学名构成的主要部分，其余组成为次要部分，次要部分通常可省略。当某真菌是一个变种或亚种时，学名就应按“三名法”拼写，即学名=属名+种加词+等级术语缩写+亚种/变种的加词+命名人+命名时间。

1867年在巴黎召开了国际会议，成立并通过了国际植物命名法规，称巴黎法规。真菌、细菌等遵从此法规，延续至今。巴黎法规后，曾在不同地区召开国际会议，对法规进行修订，下面简述法规要点：

1.法规是为处理植物分类名称而设立的，真菌适用，但与动物命名无关。

2.科及科以下名称，有命名模式。

3.双名制。

4.要求名称是最早而符合规定的名称。

5.名称应用拉丁文处理。

6.命名规则要追溯既往。

法规大会决定，将命名起点提至1753.5.1。但认可Persoon和Fries的命名有特殊地位，称为保护名称。

术语及分类群名称：界（Regnum，Kingdom）；门（Division，Divisio，Phyllum），字尾（-mycota，-phyta）；亚门字尾（-phytina，-mycotina）；纲（Classis，Class），字尾（-opsida，-mycetes）；亚纲字尾（-des，-mycetida）；目（Ordo，Order），字尾（-ales）；亚目字尾（-inaea）；科（Familia，Familly），字尾（-aceae）；亚科字尾（-oideae）；属（Genus）名：拉丁语的单数名词；种（Species）名：是属名和一个单词的种加词的双名组合。为形容词，与属的性、数、格一致。如种加词有两个名称，在其中间要有一个连字符。如红紫青霉（ Penicillium roseo-purpureum）。

合格名称：要符合法规各项规定，否则称不合格名称，或称异名、同名、重词。

名等优先律：发表最早的正确、合法的名称。以犬小孢子菌为例。最先由Bodin发表， Microsporum canis Bodin 1902。后来，Sabouraud改变其名称，称羊毛小孢子菌 Microsporum lanosum（Bodin）Sabouraud 1907。但根据优先律，承认犬小孢子菌为正确名称，而羊毛小孢子菌为异名。还有须癣毛癣菌为合法名称，而石膏毛癣菌则为异名。如 Microsporon mentagrophytes Robin 1843，后转属为 Trichophyton mentagrophytes（Robin）Blanchard 1896。但后来Bodin又命名为石膏毛癣，如 Trichophyton gypseum Bodin 1902。根据优先律，须癣毛癣菌为合法名称，而石膏毛癣菌为异名。

转属规则：转属不转种加词。如絮状表皮癣菌原名为絮状单端孢 Trichothecium fl occosum Harz 1870。以后转属为表皮癣菌，但仍保留种加词。如 Epidermophyton fl occosum（Harz）Langeron et Milochevitch 1930。要将原作者用括号括起放在转属作者的前面。

对种属名称的要求：属名可来源于任何语言，但应按拉丁文处理。种加词的名称也可来源于任何语言，甚至人名、国名等。属名第一个拉丁文字母要大写，其他为小写。属、种名称在印刷体中要用斜体字，手写体在字母下加横线，后缀作者的姓、出版年代。报告一个新种时不论用何种文字发表，均要有拉丁文摘要。

有些文字要解释一下：①如两个命名人之间有“emend”一同，意思是已作修正。②“et”或“&”，是两个作者共同的意思。③“et al”，多个作者，在第一个作者后面加“et al”。④“ex”，第一个作者的发表不合格，第二个作者完成。⑤“in”，两个作者中，前者提供描述、特征，后者合格发表。⑥“norn cons”，保留名。⑦“pro.syn”，当作异名发表。⑧“nom.Nad”，裸名。

书写规则：学名中的属名应是斜体并首字母大写。通常情况下，属名在文中首次出现应写全，相同属名非首次出现，且其后有种加词的，一般缩写为首字母。命名人姓氏为正体且首字母大写。若拉丁学名经2次及2次以上命名的，首次定名人姓氏用括号括起，其后为现定命人姓氏。定名年份用括号括起。变种或亚种学名中等级术语缩写（var、sub），用小写正体。此外，对于属以上分类单元的拉丁文名称，如门、纲、目、科等，第1个字母都要大写，可根据期刊规定而相应采用正体或斜体表述。当某一个或一类真菌种级分类单元不明确或只需涉及属级水平时，学名中种加词部分写为“sp.”（单数）或“spp.”（复数），如用“Lentinulasp.”表示微香菇属的1个种，而用“Lentinulaspp.”表示微香菇属的1个以上的物种，其中的“sp.”和“spp.”为正体并小写。