全身系统治疗，治愈率达80%左右，配合外用，治愈率会提高，但并不是所有临床诊断为甲真菌病的患者接受正规治疗后均能痊愈或好转。因为约有50%的甲疾患是由真菌感染引起，但并不能确保临床诊断的准确率为100%；且甲真菌病的治疗必需要有足够的疗程，等到健甲完全长出，才能认为治疗是成功的。趾甲约需12个月才能完全长出，指甲需6个月，故观察疗效所需的时间亦较长；所以并不是每个人都能治愈。

甲真菌病若不治疗，则持续存在和发展，会导致十指（趾）甲残毁；甲真菌病持续存在可以作为皮肤黏膜真菌病的传染源。