50%的甲病是非真菌感染，甲真菌病临床诊断主要靠真菌镜检、培养和组织病理，而真菌镜检阳性率较低，真菌培养耗时并且阳性率也不高，甲的组织病理开展在临床上更困难（取材、读片）。这些问题给临床的确诊带来困难。有时即使具有典型的临床表现的甲真菌病，而真菌镜检和培养是阴性结果的，临床医生也束手无策，不敢冒风险给予治疗方案。对于没有条件做真菌检查的医疗单位进行甲真菌病的诊断更为困难。所以寻找一种快速、准确、简单易行的甲真菌病诊断方法是临床所急需的。

治疗甲真菌病的主要难点之一是确定治疗失败的时间以及何时需要第二个疗程的治疗。在三个月疗程的结束时，大多数甲看起来仍然未恢复正常。此时真菌是否杀灭，是否需要继续治疗。痊愈的标准是什么，医治到什么程度可以停止治疗而不复发。

既使对于一部分诊断明确，按照标准方案治疗，甲真菌的复发现象仍较常见。

对于以上的问题的解决，需要在诊断、治疗、疗效判定方面均需要多次真菌学的支持，按照循证医学的方法去诊断、治疗、疗效判定。