HFRS的主要临床表现是发热、出血和肾脏损害。发热是本病最早出现的必备症状。出血见于HFRS整个过程，其程度轻重不一，严重出血是本病死亡的主要原因之一。有报道131例死亡患者中，死于大出血者52例（39. 69%），典型的HFRS患者可有程度不同的肾脏损害，临床表现为少尿或无尿。本病所致的急性肾衰竭大多是可逆的，经过正确的治疗多能完全恢复，仅极少数转为慢性肾损害。

典型病例的临床经过有一定的规律性，可表现出特有的5期经过，即发热期、低血压休克期、少尿期、多尿期、恢复期。

部分HFRS患者虽具有本病特有的三大主症，但5期经过不明显，有发热期、多尿期和恢复期，而无低血压期、少尿期，甚至直接由发热期进入恢复期。此种情况多见于轻型HFRS或家鼠型HFRS。另外，早期合理的预防性治疗，可使患者发生越期，而呈现非典型经过。

在HFRS大流行时，特别是在新疫区，有部分病例起病急骤，临床出现多期重叠，即发热期与低血压期、低血压期与少尿期2期重叠，或发热期、低血压期与少尿期3期重叠。临床表现有高热、严重的中毒症状、明显的外渗体征、严重的出血、低血压休克和急性肾衰竭。发生上述现象均提示病情严重，预后多凶险。