汉坦病毒的蛋白包括RNA聚合酶以及三种结构蛋白，即NP、G1和G2（图2-3）。NP位于病毒颗粒的核心，G1和G2位于病毒的包膜上。HTNV和SEOV等旧世界汉坦病毒与布尼亚病毒科某些属的病毒一样，没有非结构蛋白；而新世界汉坦病毒及PUUV等却有一个进化上保守的非结构蛋白的开放读码框，该开放读码框与布尼亚病毒属一样是重叠读框的形式。有报道认为，在PUUV感染细胞中该开放读框的表达可以影响病毒对干扰素的反应。

通过已测定的汉坦病毒的L片段核酸序列可推导出汉坦病毒的RNA聚合酶的大小约为250kD，与布尼亚病毒科的其他病毒RNA聚合酶的大小（259kD）相当，也与美国学者Elliott从汉坦病毒感染的细胞中检测到的大蛋白的分子量相等。该蛋白质中含有双天门冬氨基酸残基（double aspartic acid residues，DD），这种结构在其他病毒的RNA聚合酶中也可见到，在已知的几型汉坦病毒的RNA聚合酶中都存在该基序（motif）。

由于RNA聚合酶的分子量很大，很难在细菌中表达，故目前很少有对汉坦病毒RNA聚合酶的生物学活性进行详细研究的报道。RNA聚合酶既可以介导病毒基因组的转录也可以介导其复制。在转录过程中，RNA聚合酶以负链vRNA为模板合成病毒mRNA；在翻译过程中，RNA聚合酶通过中间体cRNA复制合成vRNA。此外，作为布尼亚科病毒科的病毒，汉坦病毒的L、M和S片段mRNA都有5’端非模板核酸序列，这些寡核苷酸来自宿主细胞，可能是通过汉坦病毒RNA聚合酶的核酸内切酶活性，从宿主细胞RNA上切割而来。在汉坦病毒基因组RNA的复制过程中，RNA聚合酶也可能通过其核酸内切酶活性去除转录起始产生的多余碱基。故RNA聚合酶有多种生物活性，包括内切酶、复制酶、转录酶及RNA解旋酶活性。新近有研究报道认为，RNA聚合酶需要NP参与才能行使其功能。

汉坦病毒RNA聚合酶比其他结构蛋白更具保守性，HTNV的RNA聚合酶与SEOV和PUUV的RNA聚合酶的同源性分别为85%和70%。与NP不同的是，保守序列在整个RNA聚合酶上是散在分布的，没有型特异的区域。虽然与其他布尼亚科病毒RNA聚合酶的同源性小于20%，但是在汉坦病毒RNA聚合酶的中央有保守区域。用去垢剂裂解纯化病毒颗粒，测定汉坦病毒RNA聚合酶的活性，发现汉坦病毒的RNA聚合酶的活性依赖于镁离子，镁离子、2- ME及NaCl等均可以提高该酶的活性。

汉坦病毒包膜糖蛋白G1和G2的结构和功能是各国学者最为关注的研究课题，因为从病毒本身来说，包膜糖蛋白的结构与功能对病毒的生物学特性起决定作用。G1和G2的N末端序列为典型信号序列，并都具有推导的C末端锚序列，说明G1和G2为Ⅰ型跨膜蛋白。Schmaljohn等在测定HTNV M片段的核苷酸序列的基础上推导出其G1和G2未糖基化的前体大蛋白的分子量为126kD，除去信号肽及G1和G2之间的小肽（6kD），推导出未糖基化的G1和G2的分子量分别为64kD和54kD；进一步利用内源性糖苷酶H和F降解G1和G2的糖苷后发现G1和G2的分子量分别减少了7kD和3kD，将G1和G2的氨基酸和糖基的分子量相加，得出HTNV的G1和G2的分子量分别为71kD和57kD，这一结果与Elliott等用放射免疫沉淀技术（RIP）测得的HTNV的G1和G2的分子量（分别为72kD和57kD）非常接近。

不同型别的汉坦病毒G1和G2中都富含半胱氨酸，这说明半胱氨酸分子之间形成的二硫键对G1和G2的空间构象起很大作用。且半胱氨酸的位置在G1和G2上均高度保守，HTNV 76- 118株的G1有30个半胱氨酸，其中27个在其他各型病毒中是保守的，G2上有27个半胱氨酸，26个是保守的，这提示所有汉坦病毒包膜糖蛋白有着相似的结构。G1、G2上的糖基以N- link的方式与蛋白质结合，并存在一些保守的糖基化位点。Schmaljohn等分析发现G1上有5个天门冬酰胺连接的糖基化位点，而G2上只有2个，其中G1的3个和G2 的1个糖基化位点非常保守。

汉坦病毒糖蛋白G1和G2均存在着中和抗原位点和血凝位点。美国和日本学者采用单克隆抗体（McAb）对多株汉坦病毒的抗原性和结构蛋白所做的分析表明，在汉坦病毒包膜糖蛋白上至少存在9个中和抗原位点，其中2个在G1上，7个在G2上，而具有血凝活性的抗原位点则主要位于G2上，并且与中和抗原位点是分离的，但也可部分重叠或靠近。中和抗原位点对细胞融合有重要作用。国内第四军医大学和中国CDC病毒病预防控制所分别对汉坦病毒结构蛋白进行研究也发现，在HTNV包膜糖蛋白上不仅有独立的中和抗原和血凝抗原位点，而且也有双重功能的抗原位点。汉坦病毒糖蛋白的抗原位点与蛋白质的空间结构有关，抗G1和G2的McAb基本不能与经SDS- PAGE变性的G1和G2蛋白反应，只有部分汉坦病毒感染的动物血清和HFRS患者的血清能与变性的G2发生微弱反应，但也基本不能与G1发生反应。

对于糖蛋白抗原位点基因定位的研究目前还比较少。Wang等采用多株具有中和活性的McAb与汉坦病毒共同培养，测定McAb逃避株病毒M片段基因的核酸序列，确定了其中5株McAb所针对的抗原位点在M片段的位置。

汉坦病毒糖蛋白G1和G2均可刺激机体产生特异性抗体，主要是中和抗体，对感染动物或HFRS患者有保护作用。但其刺激产生抗体的能力却相对较弱，抗体出现较晚，滴度较低，同时消失也较缓慢，其原因可能是汉坦病毒感染动物或人体后产生的糖蛋白较NP少，NP所诱导的强烈免疫应答相对掩蔽了机体对糖蛋白的免疫应答，而并非糖蛋白本身的免疫原性弱，因为Arikawa等研究发现，用McAb沉淀的糖蛋白免疫小鼠，可制备出大量的具有高亲和力的抗G1和G2的McAb，而用活病毒免疫小鼠则只能筛选出很少量的抗G1和G2的McAb。当然这与筛选方法是否合适也有一定关系。

汉坦病毒糖蛋白除可诱导动物产生中和抗体外，还可以使动物产生保护性细胞免疫。近年有研究表明，汉坦病毒糖蛋白上还含有CTL表位，提示糖蛋白不仅在体液免疫中发挥重要作用，还可直接诱导细胞毒作用，促进细胞内病毒的清除。因此其在细胞介导的保护性免疫中也起着重要作用。

汉坦病毒NP是一种非糖基化蛋白质，其主要功能是包裹病毒RNA的三个片段，构成病毒的核心部分。其分子量约在48～50kD之间，通过对多株汉坦病毒的NP进行放射免疫沉淀分析，发现同一型别的不同病毒株的NP的大小也有一定的差别。NP在汉坦病毒的装配过程中起着重要作用，该蛋白的羧基端的高度保守序列可识别病毒的RNA非编码区基因并与之相结合形成复合体，从而与RNA聚合酶一起组成病毒颗粒的核心。在汉坦病毒感染的细胞内有大量的由NP组成的多种形式的包涵体，即汉坦病毒感染的细胞内有NP的过量表达。有些学者认为这些过量表达的NP对宿主细胞可能会产生一定的毒性；但也有学者认为，虽然此时细胞内积聚大量NP，但感染细胞短期内却没有明显的细胞病变，表明其对细胞的毒性并不大。NP在汉坦病毒对人体致病中的作用尚不完全清楚，一般认为其对汉坦病毒的毒力影响较小，但因为该蛋白可诱导强烈的体液和细胞免疫应答，因此它在引起免疫损伤中可能起一定作用。

汉坦病毒NP总的同源性约为50%，但其不同区域的同源性程度不同。如羧基端的同源性高达85%，而有的区域只有11%。计算机分析发现，在所有汉坦病毒NP的羧基端均有一高度保守的抗原区域，因此不同型别病毒之间可产生交叉免疫反应。就NP的氨基端来说，HTNV和SEOV有82%的同源性，PUUV和SNV有83%的同源性。在酶免疫试验（EIA）中已有采用昆虫细胞表达的HTNV和SEOV的NP做诊断抗原，但是这两种抗原不能区分HTNV和SEOV的抗血清；用大肠埃希菌表达的HTNV、SEOV和PUUV的NP做诊断抗原，可以将PUUV与HTNV和SEOV的抗血清区分开来，但仍不能区分HTNV和SEOV的抗血清；大肠埃希菌表达的SNV的NP可以与该病毒及PUUV抗血清反应，但与HTNV抗血清反应较弱。将分别编码HTNV、SEOV和PUUV的NP1～83、233～304位氨基酸的序列连接后在大肠埃希菌中表达，得到的抗原可用于EIA，并可以从滴度上来区分上述三型病毒相应的抗血清。

研究发现汉坦病毒NP上含有属特异性、型特异性、组特异性和病毒株特异性抗原位点。徐志凯等采用10株McAb分析了国内从不同疫区的宿主动物和HFRS患者体内分离出的三十余株汉坦病毒的抗原性，结果表明这些McAb所针对的抗原位点既有组特异性的，也有型特异性的；进一步对纯化的天然HTNV NP做抗原位点分析时发现，该NP上至少有12个抗原位点，其中7个组特异性抗原位点和1个亚组特异性抗原位点至少分布在2个区域内，其他抗原位点则可能重叠于上述两个区域内，这些抗原位点的重叠有些表现在一级结构上，有些则表现在空间结构上。梁米芳等利用29株抗汉坦病毒NP的McAb研究也发现，NP上的抗原位点主要决定于该蛋白的一级结构，即这些抗原位点多为顺序位点（sequential epitope），也称为线性位点（linear epitope），因为这些McAb既能识别变性前的NP又能识别经SDS- PAGE变性后的NP。Yoshimatsu等采用10株McAb通过竞争结合试验对HTNV重组NP做抗原位点分析，发现在该蛋白上至少存在7个抗原位点，这些抗原位点主要分布于3个相互重叠的区域；通过重组表达不同长度的S片段产物，并根据表达产物与不同McAb的反应性，可将NP分为三区，Ⅰ区位于NP的aa1～103位，Ⅱ区位于aa104～204位，Ⅲ区位于aa205～402位。Jenison等和Yamada等在研究中则发现SNV NP氨基端aa17～59多肽可刺激机体产生针对NP的强烈的免疫应答，推测其可能为NP上具有决定性意义的抗原位点。Lundkvist等用截短的重组PUUV NP及其重叠的肽段研究其B细胞表位，发现被McAb识别的7个表位中的6个位于NP的氨基端（aa1～79），而多克隆抗体则识别NP上的所有表位，通过不同NP片段的抗体终点滴度检测，证明PUUV的NP氨基端是其主要的抗原靶位；通过合成该病毒NP10肽连续重叠片段（每一段间有5个氨基酸重叠），用肽扫描（peptide scanning，PEPSCAN）方法检查合成的86个肽段与不同HFRS患者的血清以及不同McAb的反应性，结果也筛选到NP上的相应抗体识别表位。

在汉坦病毒NP上是否存在中和抗原位点的问题，国内外学者尚有争议。美国和日本学者先后采用McAb对多株汉坦病毒的抗原性和结构蛋白进行分析，结果在NP上未发现中和抗原或血凝抗原位点；Schmaljohn、Yoshimatsu和石晓宏等用重组杆状病毒和痘苗病毒表达的NP免疫动物，动物的血清也无中和活性。我国徐志凯等曾采用McAb亲和色谱技术纯化了HTNV的NP，并采用多株McAb和多种方法对其抗原位点进行了分析，结果发现在HTNV 的NP上可能存在中和抗原位点；对该NP免疫学特性进行研究的结果表明，其刺激产生的抗体不仅可以中和细胞培养中的病毒，而且对HTNV感染的裸鼠也有一定的保护作用；梁米芳等在研究中也发现一株抗NP的McAb具有中和活性和血凝抑制活性，这也支持NP可能存在有极少数中和和血凝抗原位点的观点。继而，尹文、薛小平等对HTNV 76- 118株的S片段进行了全片段和分片段的表达，并用不同特性的McAb对表达产物进行抗原位点分析，结果表明重组表达的NP的McAb反应谱与天然NP完全相同，并确认其上至少存在着2个中和抗原位点，其中1个位于该蛋白的氨基端。

汉坦病毒的NP具有很强的免疫原性，用汉坦病毒感染小鼠制备McAb时得到的大部分是NP特异性的；HFRS患者体内抗NP的抗体出现最早，并且滴度高，维持时间长；用重组表达的NP免疫动物也能得到相同的结果。

汉坦病毒NP在刺激机体产生特异性的细胞免疫应答中也有重要作用。Yoshimatsu等用杆状病毒系统重组表达的HTNV NP免疫小鼠，并将免疫鼠脾细胞的T细胞富集成分转移给小白鼠乳鼠，结果一只乳鼠完全抵抗了致死性的HTNV感染。Van等发现HTNV感染志愿者的外周血单个核细胞（PBMC）都有针对病毒NP或G1糖蛋白的特异性反应，提示HTNV感染可刺激机体产生针对NP的CTL反应，并可产生与其他汉坦病毒NP相关的交叉反应性T细胞反应。Lee等应用表位预测和合成肽技术鉴定了7名HLA- A2. 1的HFRS恢复后患者的HTNV NP的CTL表位为九肽（334～342aa）。Maeda等报道将SNV的NP免疫小鼠，利用CTL杀伤实验和ELISPOT实验证实有四个表位可被CD8 ⁺T细胞所识别，且这些表位均与PUUV有交叉反应，其中一个表位还与HTNV有交叉反应。Woo等亦证实HTNV NP的两个表位均能诱发CTL反应。