传染源（source of infection）是指体内有病原体生存、繁殖并且能排出病原体的人和动物。传染源包括患者、隐性感染者（无症状感染者）、病原携带者以及感染的动物。

病毒学研究发现蝙蝠可携带大量冠状病毒。中华菊头蝠中分离的一株冠状病毒在全基因水平上与新型冠状病毒同源性高达96.2%，提示蝙蝠可能是新型冠状病毒的自然储存宿主。流行病学资料显示，首批新型冠状病毒肺炎患者大多有武汉某海鲜市场野生动物暴露史，推测竹鼠、獾、狸、蛇、穿山甲等野生动物可能是新型冠状病毒的中间宿主，成为最初的传染源。随后陆续发现仅有与患者接触而没有野生动物暴露史的感染者，此后的疫情主要是由人际传播扩散，患者、无症状感染者成为主要传染源。