肾囊肿一般不会恶变，但如果出现囊壁反复感染也存在恶变可能，现在国内将肾囊肿分为四个级别，如果是级别较高的囊肿就会出现恶变可能；肾囊肿能否发生癌变至今尚有争议。当患者肾区疼痛或（和）血尿规律改变，体重下降、血沉增快、出现与肾功能不符合的贫血，或出现红细胞增多症时，应警惕合并肾癌，趁早作CT诊断，必要时还需作肾动脉造影。肾脏癌肿：呈现占位性病变，但易发于深部，从而引起更明显的肾盏弯曲。血尿常见，而囊肿则不常见。当肾实质肿瘤压在腰大肌上面，在腹平片上就看不到肌肉的边缘，而囊肿则依旧可见。出现转移的证据（如体重减轻、乏力、触及锁骨上肿大淋巴结、胸片显示有转移性结节）、红细胞增多症、高钙血症及血沉加快都提示为癌肿。需记住的是，囊肿壁也会发生癌变。若肾静脉被癌肿堵塞，排泄性尿路造影就不清楚甚至不显影。超声影像及CT总是最后用来做鉴别诊断。血管造影及肾断层X线摄影术可显示在含丰富血管的肿瘤中，有一造影剂密集的“池塘”，而囊肿密度则不受影响。在被证明是其他疾病前，将所有肾脏占位性病变都假定为癌肿是明智的。