复杂性肾囊肿是临床的一个诊断难题，因为它既可能是良性的，也可能是恶性的，要作出正确的诊断有时候比较困难。通常需要再完善肾脏增强CT。根据增强CT对肾囊性肿块分级。根据肾脏囊性病变 CT 征象提出的分级标准，临床医生将需要手术的囊性病变和仅需要随访的病变区分开来。复杂肾囊肿可根据Bosniak分型决定是否需手术探查，尤其是Bosniak分级达到Ⅲ～Ⅳ者均需积极手术。

有时候即使做了肾脏增强CT也很难区分囊肿的良恶性，这时候医生可能会建议采取其他的检查方法，比如超声造影检查、肾脏增强MRI检查等。肾脏超声造影检查对于复杂性肾囊肿的分隔和囊壁血供有较好显示能力，有更高灵敏性，不易遗漏恶性病变，由于超声造影对病灶血供显示的高敏感性，对于一些良性病灶中细分隔处的微小毛细血管也能清晰显示，可能导致假阳性诊断的发生，所以最终的结果需要医生综合判断。