分为相对定量和绝对定量两类。相对定量指的是在一定样本中靶序列相对于另一参照样本的量的变化。绝对定量指的是用已知的标准曲线来推算未知的样本的绝对量。

相对定量可以采用标准曲线进行，由于此方法中量的表达是相对的，因此用系列稀释的样品制备标准曲线即可。同时还要扩增内参基因。采用比较CT值的方法进行的相对定量是运用数学公式来计算相对量，不过应用前提是目的基因和内参基因的扩增效率都接近100%。计算方法如下：

ΔCT（待测样本）= CT（待测样本目的基因）-CT（待测样本内参基因）

ΔCT（参照样本）= CT（参照样本目的基因）-CT（参照样本内参基因）

ΔΔCT = ΔCT（待测样本）- ΔCT（参照样本）

2 ^-ΔΔCT =表达量的相对值。

绝对定量通过预先已知拷贝数的标准品制作的标准曲线来实现，往往使用插入了目的序列的质粒DNA作为标准品，而标准品的量可根据260nm的吸光度值并用DNA或RNA的分子量来转换成其拷贝数（具体方法参见第二章）。