中国全球基金结核病项目TB/HIV防治工作分两个阶段实施：第一阶段整合在第五轮中国全球基金结核病项目中，实施周期为2006年10月1日～2010年6月30日；第二阶段为中国全球基金结核病整合项目，实施周期为2010年7月1日～2012年12月31日。

TB/HIV防治领域重叠覆盖实施中国全球基金第三、四轮艾滋病项目的14个省（自治区）、66个地市（自治州）、134个县区，项目省分别是河南、湖北、河北、安徽、山西、山东、陕西、贵州、江西、湖南、四川、云南12个省和广西、新疆2个自治区。

TB/HIV防治领域本着先易后难的原则，采用分批启动的方式：2006年10月1日率先启动了14个省、16个地市和16个县，作为试点探索经验；2007 年1月1日覆盖14个省、39个地市、67个县，其中中原地区艾滋病以既往采供血传播为主的7省50个县全部覆盖，以吸毒和性传播为主的其余7省各自在2～3个县继续探索防治经验；2007年10月1日实现项目全部覆盖14个省66个地市134个县。

2010年7月1日开始的中国全球基金结核病整合项目，根据TB/HIV防治领域前期的执行效果，将原134个项目县区中的9个县（井陉县、滦南县、高阳县、怀安县、乐平市、平度市、牡丹区、商南县、镇安县）改为低疫情县区，仅维持基本运行经费，同时新启动艾滋病高疫情的2省（广东省和海南省）9个县（广东省山水区、台山市，海南省儋州市、乐东县，云南省潞西市、梁河县、陇川县，广西壮族自治区玉林市辖区、北海市辖区），TB/HIV防治领域累计覆盖16省143个县。2011年5～9月，受到全球基金拨款冻结和审计的影响，项目县区除了患者筛查以及治疗管理外的其他活动均暂停执行，同年10月项目恢复执行，但TB/HIV防治领域预算周期由原定的6年缩减为2年，即预算截止到2012年6月30日，同时增加6个月的无预算执行期，到2012年12月31日项目活动完全停止。