龚师认为慢性肾炎的病因不外内因、外因与诱因三类。内因多为禀赋不足，饮食起居失调，以及七情过用，身劳过度和病后体衰等，这些因素会损伤人体正气，尤易损及脾、肺、肾三脏，致其阴阳失衡，机能失调。外因则为外感六淫、疮毒之邪以及肾毒药物。外感则是诱发或加重病情的重要原因。龚师指出慢性肾炎的病机为本虚标实，本虚虽涉及肺、脾、肾、三焦之不同，然脾肾虚弱是其病机关键所在，标实则主要为水湿、湿热、痰浊、瘀血之属，多因虚致实。而慢性肾小球肾炎的临床表现，都与脾肾虚弱这一基本病机有着密切的关系。脾土虚弱，无力制水，肾虚失去主水的功能，则水邪泛滥而见水肿；脾主运化，脾气虚弱，清阳不升，精微下注，肾虚封藏失职，精关不固，蛋白精脂失守，下泄尿中，遂出现蛋白尿；脾虚统血无权，肾虚火旺，灼伤脉络，血溢脉外，则可见血尿；脾肾阳虚，水湿泛滥，或肾阴不足，水不涵木，肝阳上亢，均可致高血压；而因虚留湿、留浊、留瘀，蕴久成毒，泛溢体内，则呈现肾功能减退的中毒症状，如恶心呕吐、呼气尿味、神疲肢倦、反应迟钝等。