从1958年起，龚丽娟在临床带教各种不同性质的进修生，有全国、全省的西学中进修班学生，全国师资进修班老师，全国临床进修学员以及全国省市级医院中医师，由于进修人员水平参差不齐，因此在带教上必须“因材施教”。比如西学中学员，西医基础较好，又有临床经验，有些是主任医师，对病区管理、病区医疗制度都很熟悉，因此带教重点主要在四诊的运用和辨证施治方面，查房时在望闻问切方面多讲解、示范，分析病因病机，立法处方。遇到同一病种不同类型的疾病或不同疾病，病机相同者进行分析对比，举一反三，以了解同病异治、异病同治的方法，对他们书写的病历，尤其是四诊及辨证施治部分要认真修改，以利于不断提高。进修中医师由于来自全国各地，绝大多数属家传自学成材，因而临床水平不一，可以从交谈中了解对方的医疗水平，以利因材施教。大体有3种情况：一种是刚入临床者，基础较差，应在四诊、辨证分析、理法方药上多讲解，并指导病历的书写；一种是已有多年的临床基础，丰富的治疗经验，为了拓宽视野，多接触病种，进一步提高医疗水平者，因此选择一些疑难杂症和稀有疾病予以讲解，分析病机，只要切中要点即可理解，在用药配伍上多予指导，有利于提高疗效；还有一种带着问题希望能释疑解惑者，则以相互学习的态度进行学术探讨，并提出个人见解，以供参考。本科班的教学实习是在完成课堂教学后安排，重点在门诊，一般分抄方、试诊两个阶段，抄方阶段主要使学生将课堂知识与临床实践相结合，选择典型的病例示教，以加强记忆。对于病情较复杂的疾病，由浅入深，予以示教分析，如何运用四诊，察舌切脉，归纳病机，立法处方，由老师口诵病案，学生记录病历，抄写处方。2周后进入试诊阶段，试诊是由学生独立诊治，教师要注意学生问诊的逻辑性，察舌切脉的正确性，最后书写在试诊本上，经老师复查修改后抄写在门诊病历上，学生对老师的批改意见写出心得体会，以利于不断提高病历书写质量。

从1958年起，龚丽娟还兼任南京中医学院本科班心、肾系课堂教学任务。当时在完成病房、门诊医疗工作后利用业余时间，不分昼夜进行备课。1972年调离肾科在学院内科教研室工作，以课堂教学和临床带教为主。据不完全统计，1958—1988年期间，任历届中医系内科本科班、针灸班、西学中班、全国师资进修班老师，全国临床进修班、研究生班等多层次的心、肾系病证的课堂教学和临床带教，以及内科讲座。任历届中医内科班（中专）、中医护校、高护班的内科和中医食养疗法的课堂教学。并协助邹云翔、周仲英教授指导硕士研究生3名，博士研究生4名，培养境内外研究生4名。

龚丽娟在内科教研室任职期间，在培养师资方面做了大量工作，经常坐在教室后排听课，课后及时与新教师交流课堂内容、板书等不足之处及改进意见，不断提高其教学水平。内科教研室在全体同志的共同努力下，于1978—1985年连续多次被评为先进集体。1985年全国五所中医学院教学质量检查中，内科教研室的管理水平、资料的完整性以及工作效率得到卫生部检查组的表扬。在五所中医学院内科统考成绩荣获第一。曾担任中医系学术委员会委员，全国中华医学会中医学会老年医学研究会委员，江苏省中医药学会老年医学会主任。主编、参编论著及丛书20余部，其中主编《中医护理学》、《吴门曹氏三代医验集》，副主编《全国中医内科函授教材》，发表学术论文30余篇。1994年被评为江苏省名中医。

龚丽娟从医60余年，医德高尚，医术精湛，治学严谨。退休后一直返聘在江苏省中医院名医堂门诊，临证中处处以病患为重，认真对待每一位就诊患者，亲自问诊，细察苔脉，不厌其烦地解答患者的每一个问题。对待病人从不分贫富贵贱，职位高低，不辞辛劳，总是有求必应，深受广大病患的爱戴，很多患者因此都成了她终身的朋友。正如孙思邈在《大医精诚》中所云“凡大医治病，必当安神定志，无欲无求，先发大慈恻隐之心，誓愿普救含灵之苦。若有疾厄来求救者，不得问其贵贱贫富，长幼妍媸，怨亲善友，华夷愚智，普同一等，皆如至亲之想。亦不得瞻前顾后，自虑吉凶，护惜身命。”这是无数著名医家的座右铭，也是龚师的行医准则。龚丽娟不仅学验俱丰，而且爱才惜才，非常重视中医人才的培养和成长，毫无保留地将自己的学术经验和治学之道传给年青一代。龚丽娟对学生在学术上要求严格，生活上关怀备至，她认为学习中医必须具备深厚扎实的中医理论功底，熟读中医经典，做到了然于胸，同时要多临证，多接触病人，做到理论联系实际，还须勤思多问，对经历过的有趣或疑惑的病案要多咀嚼、多品味、多总结，这样才能学以致用，知常达变。跟随龚丽娟学习的后辈经常会看到老师有几本发黄了的笔记本，里面记满了她的用药体会和临证心得。先后作为第三批全国老中医药专家学术经验继承工作，首批江苏省老中医药专家学术经验继承工作及第二、三批“全国优秀中医临床人才研修项目”指导老师，培养了多名国家级、省级和院级师承学员。2011年底经江苏省中医药局批准成立龚丽娟江苏省名老中医药专家传承工作室，全面收集、整理、总结龚丽娟的学术思想和临证经验。