霍乱弧菌属于弧菌科弧菌属。2005年5月发布的《伯杰氏系统细菌学手册》中，弧菌科（ Vibrionaceae）包括弧菌属（ Vibrio）、盐弧菌属（ Salinivibrio）和发光杆菌属（ Photobacterium）三个属共51个种，此后一些种又被归入一个新的属 Aliivibrio。至2006年，已报道弧菌科细菌超过80个不同的种，有24个种可致动植物疾病。弧菌属中与人致病相关或者从人的临床标本中分离到的种包括：霍乱弧菌、副溶血弧菌（ V． parahaemolyticus）、河弧菌（ V． fluvialis）、拟态弧菌（ V． mimicus）、麦氏弧菌（ V． metschnikovii）、霍利斯弧菌（ V． hollisae）、溶藻弧菌（ V． alginolyticus）、弗尼斯弧菌（ V． furnissii）、创伤弧菌（ V． vulnificus）、海鱼弧菌（ V． damsela）、辛辛那提弧菌（ V． cincinatiensis）和鲨鱼弧菌（ V． carchariae）等。从公共卫生角度上看，霍乱弧菌、副溶血弧菌和创伤弧菌是报道感染占优势的人类致病菌，由河弧菌和拟态弧菌所致的感染也时有报告。

目前引起人群霍乱感染并可致暴发和大范围流行的，主要是霍乱弧菌中O1群和O139群的产霍乱毒素的菌株。能从病原学上确认的，已知O1群古典生物型和埃尔托生物型分别引起了第六次和第七次世界大流行；O139群产毒株引起的暴发流行目前还局限在亚洲。另外，也陆续报道了一些由O1／O139群非产毒株以及非O1／非O139群菌株引起的腹泻病例。