绘制基因组图谱

22、集成基因组浏览器（Integrated Genome Browser, IGB）。绘制人类基因组图谱的竞赛始于1990年，并在13年后结束。当时，医学研究人员成功地对生物技术专家Craig Venter的30亿个DNA碱基对进行了测序，这项工作历时10年，涉及3,000人，耗资30亿美元。测序完成后，科学家们很想深入研究我们这个物种的源代码，但是怎么做呢？进入基于Java的基因组浏览器，这是一个由包括生物信息学教授Ann Loraine在内的团队开发的可视化工具，可用于探索基础数据集和参考基因注解。开源的集成基因组浏览器（Integrated Genome Browser）允许研究人员放大、平移和绘制基因组数据，以便识别和注解遗传特征。为了配合这一全球努力，加州大学圣克鲁兹分校（University of California Santa Cruz）提供了一个类似的工具，即由Jim Kent管理的基因组浏览器（Genome Browser）。

23、BioJava。BioJava于2000年启动，至今仍很强大，它是一个用于处理生物数据的开源库，生物数据领域也被称为生物信息学。科学家使用该库可以处理蛋白质和核苷酸序列，并可以研究有关基因到蛋白质翻译、基因组学、系统发育和大分子结构的数据。该项目得到了开放生物信息学基金会（Open Bioinformatics Foundation, OBF）的支持，其全球范围的贡献者得到了各种制药、医学和基因组学领域的资助。“BioJava是方法论和软件开发的一个热门选择，这要归功于Java的可用工具及其跨平台的可移植性，”Aleix Lafita及其同事在2019年发表的一篇题为“BioJava 5：社区驱动的开源生物信息库”的论文中写道。该论文进一步指出，自2009年以来，BioJava已经接受了65个不同开发人员的贡献，并且在过去的一年中，它已在GitHub上累积了224个fork和270个star，并且下载次数超过了19,000次。