创办吉林大学历史系
1945年8月，中国人民经过八年抗战，终于打败了日本军国主义侵略者，沦陷十四年的东北大地光复了。国民党靠美式装备，抢先占领了锦州、沈阳、长春等几座东北大城市。以毛主席为首的中共中央，针锋相对，随之将战略重点转向东北战场，派出大批党政干部，采取“让开大路，占领两厢”策略，建立起巩固的东北革命根据地。10月，佟老随军回到阔别十二年的家乡。先后任过鞍山市政府秘书长、辽阳市委宣传部长、辽东省委组织部副部长等。
1951年3月，随着国家大规模经济建设的开始，文化建设也掀起了高潮。党和国家亟需一大批既有较高文化知识，又有实际工作经验的干部，以担负文化建设的领导工作。因此，曾在中小学任过教的佟老，被任命为辽东省教育厅副厅长，重返教育战线，致力于为新中国培养青年一代的工作。同年10月，党为了加强对高等院校的领导，调佟老任东北工学院长春分院院长，不久，任总院党委书记。
1953年，全国高等院校调整时，东北人民大学（现吉林大学）为加强文科建设，拟议创办历史系。组织上经过反复酝酿，决定调佟老任东北人大历史系主任兼校研究部部长，直接负责历史系的组建工作。不久，又任佟老为副校长，仍兼历史系主任，后来又代理过校党委书记、第三书记等职务。
佟老此次工作调动，在一般人看来，是明显的降职使用，由一名校党委书记，改任一个系的主任，简直不可思议，也无法使人接受。但是，佟老从参加革命那天起，更准确地说，从举起右手向党宣誓那一刻起，就时刻以革命事业为重，用自己的一言一行，实践党和人民的利益高于一切的准则。在长期革命实践中，一向淡泊名利，不计个人荣辱得失、职务高低，只要是革命需要，无不欣然服从。对这次调动，佟老深知责任重大，在当时客观条件下，创办一个大学科系，是一项很艰巨的工作。
要兴办好一项事业，关键是贵在得人。佟老到任以后，把教师队伍建设放在首位，亲赴各地考核、招聘，很快把教师队伍组织起来。在招聘过程中，有些学者条件很适合，但要的待遇太高，过于苛刻，难以延聘。以致有的专业，一时因无教师，而不能按时开课。面对这些实际困难，佟老重新焕发延安时代精神，亲自安排几位青年教师授课，同他们一起制定教学规划，研究教材，鼓励他们大胆登上讲台，在实践中成长提高。一批青年教师在佟老热情关怀指导下，迅速成为教学、科研骨干。现在，这些同志早已是史学界闻名遐迩的名家，每当他们回首自己走过的道路时，无不感谢佟老的关怀帮助。
佟老深知，学校的主要任务是培养学生，关键是要不断提高学生学习的积极性和自觉性，促进教学相长。为此，佟老经常深入到同学当中去，促膝交谈，全面了解学生的学习、生活和思想情况，他熟悉同学，几乎对每个学生都能叫出名字，说出其专长。针对同学们的实际情况，常用自己坎坷求学经历和艰苦革命实际，启发大家珍惜大好学习光阴，努力奋发成才，并和同学们一道交流学习心得，探讨具体问题，传授治学经验。同学们很愿意与佟老接触，聆听教诲，敬慕佟老是一位慈祥仁厚的长者，当作自己修身立业的榜样。至今还有许多同学继续保持与佟老的联系，经常汇报自己的成果，感谢佟老教诲，不忘师恩。
为了在教学和学术研究上有更多的发言权，佟老在致力于教师队伍建设、学生教育培养的同时，努力加强自身学业修养。一有空闲就读书，对《史记》《汉书》《三国志》《后汉书》《春秋繁露》《公羊传》等，读了一遍又一遍，都有较深入的专门研究，积累了许多第一手资料，形成系统的科学见解。
1956年，学校评定职称时，历史系的教师们，根据佟老的学识、德望和业绩，纷纷建议为佟老授予教授学衔。佟老非常感谢大家的厚爱，他何尝不想做一名教授？但是，佟老认为自己是学校的领导，主持评衔工作，又不在教学第一线，怎么可以为自己评衔呢！于是谢绝了大家的好意，把名额让给了老师们。
佟老这种先人后己、大公无私的高贵品格，始终如一，老而弥笃，赢得了人们的无限敬意。经过佟老评定的教授、研究员，多达数十百人，而佟老个人却无任何一项学衔桂冠，许多人为此而感到遗憾。特别是改革开放以来，佟老多次主持评定职称工作，为知识分子落实政策，而对自己仍是严格要求。佟老许多高足，先后评为教授、研究员，他们更希望能为远胜过自己学识的老校长、老院长授予学衔，以消除久蓄心中的遗憾。但是，终因佟老不肯，只好作罢。直到1985年佟老离休时，仍是一位无学衔的学者、专家。同某些凭借职权，与民争利，捞取个人名誉者，何啻天壤！佟老真正做到了以德养学，以学立德。在名实之间，注重求实，不为虚名所累。
1987年，吉林省又一次评定学术职称时，弟子们认为佟老虽已离休居家，仍应予以补评。况且，一不占任何指标，二不多拿国家一分钱，无任何“相争”之嫌，只求对佟老的学术地位和贡献，给予应有的肯定，用不着顾虑有损佟老名节，令佟老改变初衷。为不使佟老继续拒绝，弟子们“先斩后奏”，事先代佟老填好了申请表，并迅速被省人事厅批准。事后，去的人向佟老说：“陷佟老于不义了，请佟老批判。”佟老只是淡然一笑，表示体谅弟子们的良苦用心，未有深责。就这样，佟老总算有了中国古代史研究员的名号，弟子们也不再为此而遗憾了。