目前，在运动障碍疾病的手术过程中采用MER价值仍然存在一定的争议。至今仍有不少功能神经外科医生在术中只是依赖于影像指导下的立体定向手术，结合术中植入电极的宏刺激的方法来完成手术。支持者认为，MER能显著提高术中植入位置的精确性，并进一步提高患者的收益水平，减少外科手术风险和术后副作用的发生率。而且，术中应用MER的治疗团队的临床结果和数据被认为更具有可靠性，因为完善的标准化的术后评估体系也应该包括术中MER记录部分的资料。反对者认为，MER技术可能增加术中的风险，延长手术时间，而且与以MRI影像学为基础的定位结合术中植入电极宏刺激相比，MER难于提高手术对目标靶点定位的准确性。有报道，在STN的DBS术中，大约33%的病例最终植入针道并非选择MER信号表现最佳的针道。

迄今为止，还没有多中心的随机研究比较这2种手术方案是否存在明显差异。但是大量研究资料表明，更多的团队倾向于在手术中使用MER技术来帮助定位，提高手术的疗效。有关毁损手术文献报道中大约65%~70%使用了这一技术，而DBS的文献中的比例更高，达80%~85%。比例的提高同DBS手术应用于临床相对较晚有关，另外，也同MER技术在近年来越来越趋于完善不无联系。

MER最终帮助了功能神经外科医生对针道的选择。有作者报道，在有多通道MER记录资料的手术中，最终并非选择中间针道的比例达52%。尽管MER能够揭示脑内不同结构的放电活动，目前还没有证据表明MER对DBS术后的改善肯定有积极作用。因为影响临床预后的因素有很多，MER作为单一因素最终在多大程度上对疗效所起的作用尚难定论。可以肯定的是，如果患者术后的疗效不那么令人满意，术中完善的MER资料有助于神经科医生排除因为靶点定位不准确影响预后的可能性。

MER术中需要装配微推进器的各个部件，部署微电极到位，连接数据线，检查整个系统的完整性，排除手术室内电器设备的信号干扰等，这些都需要一定时间。无论是STN、GPi还是Vim的电极植入，一般需要在靶点上方8~12mm开始记录电信号，同一位置波形的记录在10秒左右，总共需要10分钟或者更长时间。然后，对记录的电生理结果（结合术中测试）进行评估以决定最终植入哪个通道及植入深度。看起来似乎术中配合MER需要耗时更多，病人有可能难以耐受，但是，实际情况可能不一定如此。相比不用MER的DBS手术，术中测试的时间可以集中在MER信号表现突出的1~2个进针通道。另外，如果某个特定的通道临床效果比其他通道效果差，在MER的支持下可以立即终止测试。由于以MRI为基础的术前计划能确保手术定位的准确性不至于产生明显的误差，MER记录可以优化到从靶上6~8mm开始记录电信号。