超声心动图是诊断先天性心脏病首选的一线筛查方法。简单的先天性心脏病，应用超声结合临床和胸片，基本能够正确诊断，心血管造影仍是先天性心脏病诊断的“金标准”，但在某些特殊情况下，如患者过于肥胖，难以耐受创伤性检查，造影不完全者以及心外畸形为主要表现者，CTA和CMR均能够发挥重要的作用。MSCT可灵活选择最佳重建方位，MRI具有可重复性，血流MRI可以综合评价先天性心脏病的血流、心室功能及解剖结构等，特别能够准确识别房室连接、心室大动脉连接以及心外畸形等。然而目前MSCT和MRI在准确提供血流动力学信息的准确性方面仍无法与超声心电图及心血管造影媲美，所以总体限度仍较大。只有合理选择MRI检查或MSCT技术，才能完善先天性心脏病的诊断和评估。

MSCT重建图像对细微结构如冠状动脉的显示优于超声检查，对复杂心血管畸形的空间关系显示较超声更为直观、逼真。MSCT能在术前准确完成横断面成像，强大的后处理软件可以很好地显示解剖学房室的位置、形态、房室连接、房室与大血管连接空间位置关系，还可同时发现并发的内脏改变，对于复杂先天性心脏病诊断准确度高，尤其对主动脉、肺动脉发育、主-肺动脉间隔缺损、永存动脉干、主动脉缩窄、主动脉弓离断及肺静脉畸形引流等极具诊断价值，弥补了心脏超声的不足。MSCT对先心病合并的冠状动脉起源及走行异常显示清楚，同时可清楚显示肺部的异常及明确气道有无狭窄等。但MSCT是断面静态成像，对直径＜5mm的房间隔缺损的判断有一定困难，在显示瓣膜活动、脱垂、裂缺等方面不如心血管造影、超声心动图及MRI等。对于儿童来说，一般情况下由于受检患儿心率快，不能憋气等原因，MSCT的图像上有不可避免的伪影，影响了部分病变的显示。

新型MRI心脏检查采用心电门控技术或脉搏门控技术，消除了心脏运动对成像的影响，MRI亮血序列及黑血序列对比应用，无需应用对比剂即可提供满意的心内结构分辨率，显示视野大、组织分辨率高，并在显示管腔狭窄的同时显示病变的程度、范围以及构成狭窄侧肥厚的肌壁；可做多平面、多角度成像，能更全面地显示心内各房室及大血管之间连接和大动脉的空间关系；特别对主动脉缩窄、动脉导管未闭、肺静脉异位引流等大血管畸变的显示具有优势。在上述成像序列基础上，心脏电影序列可清晰显示室壁运动；血流MRI可以综合评价先天性心脏病的血流、心脏容量及血流的流向或分流等血流动力学的改变，克服了平扫静止图像的不足，通过血液血流信号的改变可明确MRI平扫漏诊的较小间隔缺损和动脉导管未闭等主肺动脉间较细的异常通道；对瓣膜结构的显示率显著提高。但非增强MRI对心内畸形，如卵圆孔未闭的房间隔缺损，室间隔缺损等的诊断仍有一定限度。