1988年8月11日，国务院通知，中央爱国卫生运动会改名为全国爱国卫生运动委员会。11月24日，全国爱卫会召开第八次全体委员扩大会议，组成新一届委员会，国务委员、全国爱卫会主任李铁映主持会议并讲话。1989年3月7日，国务院发出《国务院关于加强爱国卫生工作的决定》。决定指出，爱国卫生工作是具有中国特色的卫生工作方式，应当在总结经验的基础上，切实加强这一工作。1989年10月19日，全国爱卫会发出《关于开展创建国家卫生城市活动的通知》，同时下发《国家卫生城市标准》。要求各地在各级政府的领导下，以卫生治本建设为主，动员全社会力量，有计划、有步骤地进行创建活动。

在创建活动中，各级爱卫会要发挥统一领导、统一协调作用，各委员部门要按照职责分工，积极完成本部门承担的任务。1990年6月17日，全国爱卫会命名山东威海市为“国家卫生城市”，同时，在该市召开创建国家卫生城市现场经验交流会。会议部署了创建国家卫生城市和开展全国城市卫生检查评比工作，国务委员、全国爱卫会主任李铁映作了重要讲话。

1990年8月至10月，国务院批准开展第一次全国城市卫生检查评比活动。全国爱卫会组织11个卫生检查团，省、自治区组织92个卫生检查团，按全国统一标准对455个城市进行卫生检查。评出了51个卫生城市，其中有30个城市分别评为“十佳卫生城市”。1991年1月27日，全国爱卫会召开第九次全体委员扩大会议暨全国城市卫生检查评比表彰会议。总结交流了全国爱卫会第八次全体委员扩大会议以来的工作经验，表彰了荣获1990年度“卫生城市”“十佳卫生城市”及“十佳卫生城市”的市长和城市卫生检查单项奖项目。国务委员、全国爱卫会主任李铁映作了重要讲话。

1992年3月26日，为了推动创建活动的深入开展，全国爱卫办在湖南省岳阳市召开了全国巩固城市卫生检查评比成果研讨会，时任全国爱卫会委员、全国爱卫办常务副主任朱庆生主持会议并讲话。有38个省、自治区、直辖市和地、县级市的爱卫办主任及有关部门负责人员出席会议。会上，上海、哈尔滨、成都、深圳、大连、威海、岳阳、沙市、江阴、莱州等十个城市介绍巩固城市卫生检查评比成果，深入开展创建国家卫生城市活动的经验。会议还讨论研究了第二次全国城市检查评比方案。同年8～9月，开展了第二次全国城市卫生检查评比活动。通过检查评比命名了十二个城市为国家卫生城市，即：深圳、珠海、三明、张家港、江阴、成都、佛山、烟台、大连、烷州、莱州、马鞍山市。还从评定的57个卫生城市中分别评出了30个“十佳卫生城市”。第三次和第四次全国城市卫生检查评比活动，分别在1995年和1998年进行。至2006年4月，已命名70个国家卫生城市。

为了不断总结交流创建经验，全国爱卫办于1995年3月19日，在广东佛山市召开了创建国家卫生城市理论研讨会。1997年12月24日在福建省厦门市召开纪念爱国卫生运动45周年理论研讨会。2001年4月16日，在广东省中山市召开创建国家卫生城市（镇）研讨会，总结交流10年来开展创建活动对城（镇）经济和社会发展所起的作用，研究如何贯彻中央领导的指示，继续做好新时期的创建卫生城市、卫生镇的工作。通过上述研讨会议，从理论和实际的结合上，不断提高了对创建活动的认识，不断丰富和发展了具有中国特色的爱国卫生运动理论。

历时十多年的全国城市卫生检查评比活动，对促进城市的规划、建设和管理起到了重要作用，越来越引起各级党政领导的重视。各地普遍把创建卫生城市活动作为加快改革开放和经济发展的迫切需要，作为加强城市社会主义精神文明建设的重要举措，作为党和政府密切联系人民群众的实际步骤。多数市通过加大资金投入，完善城市基础设施建设，组织发动人民群众，进行专项整治，健全法制，落实队伍，强化管理等措施，市容环境卫生面貌有了很大改善，提高了城市居民的生活质量，促进了经济、社会的协调发展，使创建卫生城市工作显现出强大的生命力。

但是，创建成功后，往往对巩固成果不够重视，出现滑坡和被动局面，因此需要有关部门定期进行暗访复查，改变重创建、轻巩固的观念，使巩固卫生城市成果工作迈上健康发展的轨道。如何使创建卫生城市工作更加深入扎实，避免形式主义，是今后工作中一个值得研究和探讨的问题。“卫生靠检查”已得到广大干部群众的公认。检查方法是否科学合理，直接关系到检查结果的客观公正性。以往在城市卫生检查中所采用推荐和抽查相结合的方法，作为创建的初级阶段是可行的，符合当时的实际情况。但这种方法的弊端也是明显的。因为是明查，所推荐的单位都是当地的“盆景”，肯定是好的，即使抽查到的街巷和单位，经事先告知，仍有突击的时间，可以做好准备。这样做尽管有促进作用，但所反映的情况已不是平时的水平。如抽查到的街巷和单位，经过一个晚上的突击，没有硬化的也己硬化，厕所的瓷砖已贴好，化粪池已改建，农贸市场也彻底改变了面貌；有的搞形式，应付检查，在检查人员到来前，农贸市场不让市民去买菜，公厕不让群众进，不给摊贩出摊，市民早点买不到，给群众的生活带来不便，群众意见较大。更有甚者，在为调查鼠密度所布的粉块处派人看守，有的在粉块上加盖脸盆等物，不让老鼠通行，所测的鼠密度也就不真实了。还有些基层工作人员，怕一些小吃店、小理发店、小旅店等检查时过不了关，下令关门，干脆不接受检查等。

通过近十年的实践，广大人民群众对创建本身是拥护的，希望通过创建，切实改变工作环境，提高生活质量。但对城市卫生检查中做表面文章、搞形式主义则坚决反对。1998年，李岚清同志在全国爱卫会报送的《关于调整对省会以上城市卫生检查时间的请示》上批示：一是决不能影响“三讲”；二是不能扰民；三是不能搞形式主义。并要求创建卫生城市要树立“精品”意识，切实改变检查方法。这些指示切中了时弊，是对创建卫生城市工作的极大关怀和爱护。全国爱卫会为认真执行李岚清同志的指示，在组织开展第四次全国城市卫生检查评比中，明确规定除必查项目（如垃圾填埋场、粪便处理场、污水处理厂、窗口单位等）外，一律采取随机抽查方式，抽查范围应覆盖整个建成区，使检查结果基本能反映一个城市的整体卫生水平。随机检查一般根据被检市提供的地图、当年的电话号码簿和本底资料，确定检查地段和单位，不得事先告知被检市，而是在检查前，告知车子往哪里开，有时也可以检查完上一站，再告诉下一站。这样做的好处是，有利于广大干部，尤其是基层干部树立持之以恒，实行长效管理的思想，从根本上克服突击迎查、做表面文章的老办法；有利于检查人员对一个城市的整体卫生水平作出客观公正的评价；有利于增强群众对检查工作的信任感，从而密切检查人员和人民群众的联系；有利于克服和减少形式主义，真正做到不扰官、不扰民，让人民群众得到更多的实惠。

创卫工作开展20多年来，各地加强和创新社会管理，推动城市基础设施建设，改善环境卫生面貌，强化卫生防病工作，提高群众文明卫生意识，取得了显著成效。一些原来环境脏乱差、污染严重的老旧城市，通过创建活动，一跃成为舒适、卫生、宜居的新型城市，使群众生产生活环境得到显著改善，促进了经济发展和社会和谐，受到广大人民群众的普遍欢迎。经过多年的不断规范和发展，国家卫生城镇已深入人心，成为一个城市综合管理水平和卫生文明程度的重要标志，是爱国卫生工作的知名品牌。

截至2011年底，全国爱卫会已累计命名了153个国家卫生城市（因浙江杭州的萧山、江苏的吴县、广东的南海3个县级市撤市设区，并入地级市，2007年不再重新确认，现有国家卫生城市150个），32个国家卫生区，456个国家卫生乡镇（县城），约占全国城市总数的22%。

通过查阅文献发现开展创建国家卫生城市活动意义深远。一是密切了党群、干群关系。创建国家卫生城市是一项“民心工程”和“实事工程”，它解决的均是群众关心的、迫切需要解决的问题，与群众生产生活休戚相关，始终体现以民为本的宗旨，有利于凝心聚力，密切党群、干群关系，树立党和政府的良好形象。二是提升了城市综合实力。环境是城市综合竞争力提升的关键。通过创建国家卫生城市创造良好的城市环境，可以吸引人才，吸纳资金，引进项目。只有达到“硬环境上水平，软环境创一流”的要求，形成“政府抓环境，环境留人才，人才强经济”模式，实现环境与经济的良性互动，才有利于城市快速发展。三是提高了城市管理水平。政府以创卫为抓手，不断厘清管理职能，完善管理体制机制，并立足更高平台，确立更高目标，建立长效管理工作机制，促进城市管理科学化、精细化。四是促进了人民群众身心健康。通过打扫卫生、消灭四害、控制疾病、健康教育，净化了居住环境，提高了人民群众健康意识和自我保健能力，人均期望寿命从新中国成立时的35岁提高到2010年的74.8岁，翻了一倍。婴儿死亡率和孕产妇的死亡率都是大幅度下降，达到了中等发达国家的水平。

但是，国家卫生城市创建工作也面临了新的问题，主要表现在：一是对创建国家卫生城市意义认识还不到位，甚至出现了完全相反的理解和看法，认为创卫是劳民伤财的事情；二是有的城市创建工作脱离经济实力和卫生基础条件，注重形式，缺乏内涵建设，反而造成新的卫生隐患，影响了创建国家卫生城市的工作质量和形象；三是个别城市把创建国家卫生城市当作面子工程，存在形式主义，甚至弄虚作假；四是公众参与创建国家卫生城市工作的渠道有限，缺乏参与评价的机会，影响了公众的工作热情；五是有的城市重创建、轻巩固，未建立长效管理机制，导致反弹明显。