现代流行病学的疾病病因观认为无论是传染病，还是慢性病，其病因都是复杂的。一种因素可以引起多种疾病，一种疾病也可与多种因素有关。病因或致病因素是指外界客观的生物、物理、化学、社会等有害因素，或者人体本身的心理以及遗传缺陷等，当其作用于人体，并在一定条件下即可导致疾病。20世纪中叶，现代意义上的流行病学多病因观念已基本形成。1980年，Lilienfeld提出了广义病因的概念：“那些使人们发病率增加的因子就可以认为有病因关系存在，当它们之中一个或多个不存在时，疾病频率就下降。这种与发病率消长有关的因素称之为病因，它涵盖了危险因素（risk factors）与决定因素（determinants）。”换言之， 那些能使人群中某病发病概率增加的因素称为该病的病因（cause of disease）。在流行病学研究中，通常把尚未最后确定的病因称为危险因素（risk factors）。从定义可知，一种疾病的病因是所有能引起该病发病概率增加因子的集合。对于某一个患者而言，可能只是这个集合中的一部分导致其发病。因此，无论是个人还是群体，所具有（或暴露）的危险因素越多，则发病的概率就越大，这就是概率病因论。越来越多的研究证明，几乎所有疾病的病因都是多因素的。Rothman将病因归纳并提出了必需病因与促成病因的概念。有利于在疾病发生概率中比较各种病因的作用大小和采取相应措施。

是指某疾病发生的必要因素，即缺乏该因素时疾病就不会发生。例如结核病必然具有结核杆菌，即必需病因，没有结核杆菌感染就不会发生结核病。绝大多数传染病、地方病、职业病都有一个比较明确的必需病因，而大多数慢性非传染性疾病目前很难找到它们的必需病因。

是指某因素存在，可能导致某病发生概率增加，但该病发生并非一定具有该因素，则该因素为促成病因。如结核杆菌是结核病的必需病因，但并非所有暴露于结核杆菌的人均会患结核病，其他因素如免疫状况、营养不良、过度疲劳、精神紧张、遗传背景等都可以影响该病的发生与否。因此可以认为，除必需病因以外，其他任何能引起发病概率增加的病因都可以认为是促成病因，只是它们在决定疾病发生概率中的作用大小或出现频率不同而已。

必需病因和促成病因的提出，在疾病的预防和控制中有很好的指导意义。在实际工作中如果能找到并能消除或有效控制某病的必需病因，可以防止该类疾病的发生。例如，天花、麻疹、小儿麻痹症等有明显的必需病因，针对其病因采取免疫接种方法就取得了显著的成效。但是，有很多疾病很难找到其必需病因，如大多数慢性非传染病、肿瘤等，或者知道其必需病因，但目前暂时无法或有效地控制它，如艾滋病。在这种情况下，如果能发现足够多的促成病因，并通过概率分析，发现其中重要的因素，对其采取有效措施，也可以不同程度降低该病的发生频率。因此，在某些多因性疾病的病因没有完全弄清之前，无须刻意寻找哪是必需病因，哪是促成病因。一旦清楚了某成分病因的作用，即可针对该病因采取措施，就有利于降低该病的发病率，控制或消灭疾病。比如，在霍乱弧菌被发现前30年，仅采取了饮水供应措施就控制了霍乱流行。

病因的来源包括宿主和环境两个方面。来自宿主方面的病因最重要的是遗传，另外还有年龄、性别、体质、心理及免疫状况等。环境包括生物环境、物质环境和社会环境。根据病因的来源列出寻找病因的清单，对病因研究有指导意义。但是不同疾病的病因假设不同，必须根据研究目的有选择性地拟定。

病因假设清单如下。

来自宿主方面的病因最重要的是遗传因素，目前认为慢性病与除了多基因遗传有关，还与染色体异常、年龄、性别、发育、营养状态、行为心理、免疫状态等有关。

包括细菌、病毒及其他微生物、寄生虫、动物和媒介节肢动物等。

包括营养素、天然有毒动植物、微量元素、气象、地理、水质、大气污染、电离辐射、噪音等。

包括社会政治、经济、文化及卫生水平、家庭、职业、工作环境、居住条件、生活习惯、宗教、风俗等。