随着肺腺癌以及鳞癌驱动基因研究在临床上带来的成功，以及驱动基因突变检测手段的不断改进，有数个研究采用第二代测序（NGS）分析了小细胞肺癌驱动基因突变，小细胞肺癌驱动基因谱也初露端倪。

Pleasance研究小组首先采用NGS方法分析了小细胞肺癌细胞系NCI-H209全基因组测序的结果，发现小细胞肺癌中存在 CHD7基因重排，其中PVT1-CHD7就是其中一个融合类型。随后分别来自德国和美国的2个研究组织于2012年在 Nature Genetics上报道了采用NGS方法进行小细胞肺癌全基因组测序的研究成果，为小细胞肺癌未来的治疗找到了数个潜在的生物标记物和靶点。德国的Peifer等分别对小细胞肺癌基因拷贝数、外显子、转录子、基因组进行了测序和信息整合；美国的Rubin等也对小细胞肺癌及其配对正常组织进行了全基因组测序。研究显示除了 TP53和 Rb基因异常、 Myc家族基因扩增外，还发现新的抑癌基因、癌基因以及信号通路及其相关分子的异常。研究发现小细胞肺癌的高频率基因失活突变包括 TP53（75%～90%）、 Rb1（60%～90%）和 PTEN（2%～4%）；罕见的基因活化突变包括 PIK3CA、 EGFR和 KRAS。基因扩增见于 Myc家族成员、 EGFR和 Bcl- 2，而基因缺失见于 RASSF1A、 PTEN和 FHIT。此外，研究还发现和验证了高移动组超家族的NDA结合蛋白（SOX2）是小细胞肺癌一个新的驱动基因，这些新的因子和生物标志物也是小细胞肺癌的潜在治疗靶点。

此外，纪念斯隆-凯特林癌症中心全基因突变分析计划（MAP）对小细胞肺癌（SCLC）分子分型进行了前瞻性分析，研究结果于2014年ESMO大会上进行了公布，结果和既往的回顾性研究结果非常类似，SCLC患者 TP53和 Rb1失活常见；其他基因异常也有相当比例的发生频率，如 SOX2、 FGFR1扩增以及 PTEN缺失等基因异常。然而，到目前为止，还没有有效的针对小细胞肺癌驱动基因的药物出现，我们也期待着在小细胞肺癌的驱动基因突变研究中出现新的曙光。