亚健康产生的原因极其复杂，有专家认为，亚健康状态产生的原因是机体内环境与外环境（工作氛围、社会人际、压力竞争及破坏环境）平衡失调导致。研究发现导致人体平衡系统稳态发生障碍，使其产生波动变化的有关因素有以下几种：

地理环境因素是影响亚健康的重要因素之一。地理环境不同，人的亚健康也有差异，从而发展为不同的地方性疾病。《素问·阴阳应象大论》云：“东方生风”，“南方生热”，“西方生燥”，“北方生寒”，“中央生湿”。《素问·五运行大论》亦云：“地有高下，气有温湿，高者气寒，下者气热。”这是说东方风气较盛，南方热邪较盛，西方易生燥邪，北方易生寒邪，中央则湿邪较盛，地势高者寒气偏胜，地势低者热邪较盛。现代流行病学和地质学研究得知，地壳表面元素分布的不均匀性，在一定程度上影响着世界各地区人类甚至所有生物的生长发育和生理、病理，使一些疾病具有明显的地区性和地方性。有专家认为，微量元素和体内平衡是人体阴阳平衡的物质基础之一。另有学者抽查了西北、东北、中原、沿海等地2269人的体质情况后得出：阴虚体质具有极其显著的地理性分布差异。

目前，人类生活水平的提高和生存环境恶化之间的矛盾越来越突出，人生活在自然环境中且与自然环境相依相存。由于自然环境不断被破坏，人类长期处于各种环境污染中，如废气、废水、辐射、噪音以及气候恶劣和骤变等，对于人类的生活及个人身体造成潜在持续的危害。

人生活在由一定社会关系结合而成的社会因素之中，包括家庭、邻里、朋友、工作团体等。进入21世纪，社会竞争更加激烈，社会生活的复杂性、多变性及错综复杂的各种关系，对人们工作、婚姻、家庭生活的稳定性产生了前所未有的猛烈冲击，使人不得不承受各种压力；科技迅猛发展，信息变化加速，使更新知识、创造新思维成为人们越来越重的压力和负担。在市场经济条件下，在经济收入的逼迫下过重的工作，出现身、心透支现象。许多利益冲突交织在一起使社会人际关系变得复杂，也使每个人建立和处理人际关系变得更加困难，继而人们之间的情感交流变得越来越少，由此导致的焦虑、紧张、愤怒、过度自私、自卑、孤僻、妒忌、冷漠、抑郁、空虚、猜疑等心理因素不能得到有效的控制和疏导，从而影响人体的神经体液调节和内分泌调节，造成机体各系统的功能失常。

近年来，由食品污染而引发的疾病越来越引起广泛的关注，工业化带来的数百万种化合物、重金属、有毒产品存在于自然界食物链中，并最终威胁人类的健康。更有甚者，大棚蔬菜使用各种催长素、饲料中添加激素、熏烤食品加入过量的亚硝酸盐等食品污染事件不断出现。

营养不足或过剩均可导致疾病。饮食结构不合理，不良饮食习惯，如偏食、暴饮暴食、多食或不食，导致人体消化、吸收功能紊乱，造成营养不良、营养过剩或肥胖，已成为引发亚健康的一个重要原因。

生活不规律，长时间的工作，使人体长期处于超负荷状态，人体生物钟被打乱，不良的生活习惯如吸烟、酗酒、滥用药物等可诱发多种疾病。我国前3位疾病死因中，心血管疾病中不良生活方式与生物因素的比例为45.7%︰29.0%；脑血管疾病为43.3%︰36.0%；恶性肿瘤为43.6%︰45.9%，均与不良生活方式和习惯有关。

吸烟是人类头号慢性杀手。据统计表明，全世界每13分钟就有一人死于和烟草有关的疾病。吸烟对人类危害，不仅仅表现在对吸烟者本人的伤害，对周围的被动吸烟者也具有同样的伤害，尤其对胎儿、婴幼儿、孕期妇女的伤害更大。

关于亚健康中的慢性疲劳综合征的成因有多种说法，有人认为是病毒感染，也有人认为与免疫系统失调有关。但可以肯定的是，人的身体总是处于一个动态平衡系统中，过度疲劳造成机体平衡失调，精力、体力透支。表现为精力不足，注意力不集中，记忆力衰退，睡眠质量不佳。

经常锻炼身体的人，肌肉萎缩和力量的减退可推迟10~20年，血压可保持稳定的正常水平，运动还能推迟神经细胞的衰老，促进代谢产物的排出。因此，缺少运动可导致衰老和疾病。

睡眠不足可直接导致疲劳及神经内分泌免疫系统的异常。人到中年，睡眠是缓解疲劳的重要方式。在进入信息时代的当今，人们在工作紧张、压力增大的情况下，睡眠时间被学习、交友、上网等活动占用，睡眠时间渐趋于减少。导致身体疲劳，体力不支，影响人的心理平衡，降低工作积极性及效率，从而对工作失去兴趣，情感压抑，消极被动。

少量饮酒可引起大脑皮质兴奋，促进血液循环。一次大量饮酒后可出现共济失调、昏睡、昏迷，导致急性乙醇中毒。长期酗酒会造成肝脏功能损害、营养不良，还会降低人体对传染病的抵抗能力。若进一步发展，则可引起脂肪肝、肝硬化、高脂血症、动脉硬化等疾病。

现实生活中，紧张的工作节奏、繁忙的学业、激烈的岗位竞争以及社会的、家庭的问题使人的精神压力加大，是导致亚健康的危险因素。愤怒情绪可以刺激人体内交感神经兴奋，使内分泌发生变化，导致心血管疾病、精神疾病；急躁情绪使神经系统高度兴奋，引起血管收缩，血压升高，导致高血压、冠心病等；自卑、敏感、抑郁可使大脑皮层处于抑制状态，降低内分泌系统、免疫系统功能，发生记忆力减退、免疫力下降、反应迟钝、焦虑、早衰等。已证实，应激或心理防御机制的破坏，与某些自身免疫、肿瘤和传染病的发生发展相关。有文献报道，亚健康的发生率与职业有一定关系，在知识分子人群中高达70%。从事以脑力劳动为主的亚健康者，心理症状也比较严重。

个性主要包括能力、气质和性格三个方面。由于遗传生理和环境的不同。每个人的个性特征都有一定差异。个性影响着人们的适应和应对能力，决定着情绪反应的形式。个性不良因素往往导致人们不能很好地适应环境。

人类的健康和长寿40%决定于遗传和客观条件（其中15%为遗传，10%为社会因素，8%为医疗条件，7%为气候条件），而60%依靠自己的生活方式和心理行为习惯。

即使一个健康人在身体各方面功能上也有处于低潮的时候，此时身体处于亚健康状态，这是正常的生理现象。

人到中年以后机体器官开始老化，体力、精力、能力、代谢随年龄增加而递减，各种生理问题会逐渐出现，此时人体处于亚健康状态。

许多慢性病的形成，是一个长期积累的慢性过程，其临床症状不明显，如心脑血管疾病、肿瘤等。因此，当精神负荷过重，抵抗力下降，就会加速疾病的形成。所以，在发病前相当长的时间内，人体处于亚健康状态。