巧克力囊肿是“肿块”，并非是“肿瘤”，是子宫内膜异位症的一种病变。正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。如果月经期脱落的子宫内膜碎片，随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位内膜。这种异位的子宫内膜也受性激素的影响，随月经周期反复脱落出血，如病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，黏稠如糊状，似巧克力，故又称“巧克力囊肿”。囊肿大小不一，直径多在5cm左右，大至10～20cm。囊肿增大时表面呈灰蓝色。囊肿在月经期内出血增多，腔内压力大，特别是近卵巢表面的囊壁易反复破裂，破裂后囊内物引发炎症，导致卵巢与子宫等紧密粘连，手术时若强行剥离，粘连局部囊壁极易破裂，流出暗褐色陈旧血液。虽然这种病初起只见有小型囊肿，但拖延时间久不重视治疗，则每次月经来潮前后腹痛剧烈。

当巧克力囊肿较大时需要手术治疗:可通过腹腔镜下卵巢内膜异位囊肿穿刺术治疗，适用于小的或粘连紧密不能剥离的囊肿，通过囊壁剥离术治疗。对于囊肿较大，粘连较紧，不能剥离干净时，可考虑通过卵巢部分切除术治疗；卵巢组织已完全被破坏，且粘连严重无法行卵巢部分切除的情况下，通过行卵巢摘除术治疗。